超獸武裝

整個宇宙分為七大平行宇宙，每十萬年這七大平行宇宙有七天的重合時間，整個故事就是發生在這七天。每個平行宇宙的最強者為超獸戰士，可以進入超獸武裝狀態。超獸戰隊為了阻止接近“神”的人物“冥王”的復活而踏上征途，但最終失敗，冥王復活。可是峰迴路轉，超獸戰隊慢慢發現宣揚愛的“神”的人物“雪皇”實際上也有片面之處，因為她的愛對於像狼族、蝙蝠族、獅族、鯨鯊族之類的族群來說就是毀滅。

而這一發現導致超獸戰隊成員全部喪失戰鬥的信念，但經過不斷的探索，他們發現他們真正的使命就是——保持宇宙的平衡，為了宇宙的和平而戰。非生命體的飛船升級所需的經驗被稱為核能量。“核能量”是一個全新概念的元素。它在遊戲中有著重要作用，在各個核心繫統系統中都發揮著作用。普通核能量中包含飛船經驗，飛船本體及外部指定區域碰到核能量即可獲得該經驗。在每張地圖上配置一個核能量數，當玩家在本張地圖上獲得了這些數目核能量后，將觸發隱藏BOSS的出現。

遊戲首次引入簡易陣型，呈現多人同屏的戰鬥場景，同時推出國內首創分鏡戰鬥效果，交戰時切出戰鬥畫面，分鏡動態展現戰鬥過程，更為戰鬥引入劇情對白。

飛船系統

玩家將在遊戲中扮演一位飛船的船長。遊戲系統共提供3艘飛船（分別為麒麟號型飛船、白虎號型飛船、鳳凰號型飛船），供玩家選擇。每一艘飛船均擁有等級，玩家可以通過獲取經驗值升級，做任務或者在地圖上收集核能量可以獲得經驗提升飛船等級，飛船也是玩家存放所收集超獸的載體，每一艘飛船可存放14個超獸。飛船內部配有傳送功能，通過點擊，可到達平行宇宙中的其他地圖。玩家在遊戲中通過操縱飛船進行移動，與玩家、怪物進行交互。在飛船中配有恢復設施，可以給與超獸恢復體力及PP值。

寵物系統

遊戲中所指的寵物即為玩家所搜集的“超獸”。玩家在遊戲中可對出現的怪物進行收集，使之成為玩家所能掌控的超獸。超獸所擁有的技能包含普通技能，大招及合體技能。除了擁有技能外，還可擁有超獸陣型，根據不同的陣型配置，達到不同的戰鬥效果。超獸的等級亦通過打怪獲得經驗而提升和進化。

陣型系統

陣型系統作為《超獸武裝》中的特殊系統，可實現多人同屏戰鬥，每個陣型擁有各自屬性，每個陣型都有獨立的2種屬性附加給陣型中的超獸，不同陣型之間存在傷害加成或減少的相剋關係。玩家可以將飛船中的超獸編入或編出指定陣型的任意位置，同時可設置默認參戰的陣型。玩家可以隨著飛船等級的提升，任務及道具獲得新的陣型。

戰鬥系統

遊戲採用回合制方式戰鬥。遇敵方式為暗雷，玩家進入戰鬥狀態后，按照默認陣型站位，系統按指定順序自動選擇玩家將要發動技能的超獸。

任務系統

遊戲中共提供5類任務類型（分別為主線任務，支線任務，循環任務，新手任務，活動任務），提供玩家選擇。所有任務均有任務獎勵。