序列標記位點

首先將RFLP探針進行序列分析，然後根據其設計出長度為20個左右的一對引物，對基因組DNA進行PCR擴增，最後進行電泳檢測分析。由於它涉及到DNA測序工作，因而只能對少數位點進行分析；此外，這一技術所包括DNA片段（500~3000bp）遠小於RFLP探針（可至10~20kb），所以RFLP探針所檢測的多態性並不一定都能通過STS方法檢測到。與其他基於PCR的方法一樣，一旦獲得引物，STS方法便與RAPD分析同樣簡單、迅速。

STS是對以特定對引物序進行PCR特異擴增的一類分子標記的統稱。通過設計特定的引物，使其與基因組DNA序列中特定結合位點結合，從而可用來擴增基因組中特定區域，分析其多態性。利用特異PCR技術的最大優點是它產生信息非常可靠，而不像RFLP和RAPD那樣存在某種模糊性