新沙海關，是隸屬於黃埔海關，其職責是依照海關法和其它有關法律、法規，監管進出境運輸工具、貨物和其它物品，徵收關稅和其他稅費，查緝走私，編製海關統計，辦理一般貿易、加工貿易及保稅監管等業務。
新沙海關經
國務院批准設立，1999年1月成立籌備處，2002年1月28日正式開關。關區內有2個一類碼頭：新沙港碼頭、廣州集裝箱碼頭；4個二類碼頭：西貝沙碼頭、馬士基集裝箱碼頭、粵翔碼頭、東江口四海碼頭。
新沙海關內設12個科級機構：辦公室、人事政工科、監察室、財務科、綜合業務統計科、通關科、查驗科、物流監控科、保稅監管科、稽查科、風險管理科、後勤管理科。