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萊德博士即將離開人世，而他不確保在未來的世界里洛克人是不是最強，能否繼續保護世界。於是他作出最終決定——把洛克人改變成擁有感情的思考型機器人，也就是後來ROCKMAN X系列的主角——X，並把他封印起來，留下告誡信息：在30年的封印期未到前，不要打開此膠裹，否則效果不堪設想！

經過近100年的封印，X的膠裹於21XX年某日被一位人類科學家——凱恩打開了，之後他驚異地發現了X身體的神奇構造並擁有感情的特點，借他目前能解開的一小部分關於X的程式製造了許多基本結構與X相同的思考型機器人（都擁有“心”）。

可是，就如萊德博士所預想的，2年後終於發生了思考型機器人叛變，正常的思考型機器人成立了“故障者獵人”專門打擊叛變的思考型機器人——稱故障者。其中以載有最強能力晶片為主系統的SIGMA（西格瑪）為隊長，故障者爆動事件得以平息。

3年後，ZERO出現，並且四處破壞，故障者獵人動用所有軍力卻全軍覆沒（誰叫ZERO那麼強？！）SIGMA親自出馬也被ZERO打得近死邊緣，但這時ZERO頭部水晶出現“W”字樣（W是威利名字的頭號字母）然後頭痛，SIGMA乘機打敗ZERO……

之後ZERO被帶到凱恩處進行修理，恢復之後失去了瘋狂時的記憶，並加入故障者獵人，但行事完全獨來獨往。

1年後SIGMA叛變，大量故障者獵人跟隨其叛變，少數反抗的卻全部被殺。只有X繼續向SIGMA作出反擊（X有正義的心，承繼了萊德的意志），但他這麼個B級就連SIGMA的手下VAVA也殺不了，還差點死掉，但這時ZERO出現了，原來他的想法與X一樣，二人生死共患難與SIGMA決戰，途中經歷了不少事情……ZERO原本雖是為殺X而製造出來的，但他也有屬於他的獨立意志，他的意志促使他與X成為了最好的朋友……

X擔任故障獵人第17精銳部隊隊長，擁有在戰鬥中讓新機能自動覺醒的能力，只是X本身卻對這種能力的認知並不清楚，進行任務時經常猶豫的性格讓他當初只能得到B級的評價。