組織國家支付體系建設並實施監督管理。擬訂支付結算業務規則及銀行賬戶和支付賬戶管理規章制度，組織落實銀行賬戶和支付賬戶實名制。擬訂電子支付、數字支付及其他支付工具業務規則。組織建設和監督管理中國境內及跨境支付、清算、結算系統。組織開展金融市場基礎設施評估，推動基礎設施互聯互通並擬訂相關業務規則。監督管理非銀行支付機構、清算機構及其他支付服務組織。開展支付信息運用和監管。組織中國人民銀行會計核算。
下設綜合處、支付工具管理處、銀行卡業務管理處、支付系統管理處、會計核算管理處、清算組織監管處、信息分析處、研究規劃處。