海峽兩岸農業交流協會，是民政部註冊、農業部管理的全國性、非營利的社會團體，於2001年1月15日在北京成立。
首任會長為時任農業部副部長的萬寶瑞，現任會長為農業部總經濟師陳萌山。協會由農業界有代表性的、從事和熱心於兩岸農業交流與合作的企事業單位和人士組成，將致力於促進兩岸農業界的交往，發展兩岸農業交流與合作。
海峽兩岸農業交流協會的成立，標誌著兩岸農業合作邁入新的階段。海峽兩岸農業界經過10多年廣泛交流，在許多領域開展了富有成效的合作。兩岸農業在自然資源、區域空間、資金、技術、市場、勞動力等方面具有很強的互補性。加強兩岸農業的交流與合作，有利於促進兩岸農業生產要素的合理配置，提高生產力和競爭力。