大蛇丸

在戰鬥過程中，初代火影與二代火影一同奔向日斬，與日斬展開體術攻擊，但被日斬擊開，之後，日斬使用“火遁·火龍炎彈”從口中吐出火焰向兄弟二人撲面而來。

面對火遁的攻勢，第二代火影使用水遁·水陣壁從口中猛烈噴出如海浪一般的水之牆，抵擋住日斬的火遁攻擊！緊接著，第二代火影雙手合十后，使用水遁·水衝波在一瞬間憑空召喚出猶如龍捲風般快速旋轉上升的水，之後水猶如瀑布一般擴散並向下衝擊日斬，日斬則使用土遁·土流壁築成巨岩阻擋洪水；但就在從岩石返歸城樓之際，先後被初代火影拳打腳踢后被二代火影強行拖入水中，在掙脫下才逃回土壁上面。二代火影使用水遁·水斷波射出多支水柱擊潰土壁，日斬再度落在城樓之上。

得到通靈獸“猿猴王”猿魔的協助，日斬使用其化成的“金鋼如意棒”作為武器，跟大蛇丸從口中拿出的“草薙之劍·空之太刀”對戰，雙方打得一度不分勝負。但隨即初代與二代目紛紛來犯，他沒法同時對戰三人，只好在初代及二代肢體上留下引爆符，直接被大蛇丸踢飛。大蛇丸一度走近被打到城樓面上的三代目，稱對其表示失望，三代目亦一度因為想起童年時期的大蛇丸而開始流淚。但不久日斬重拾戰意，以敏捷的身手攻擊大蛇丸，猿魔亦從如意棒中把手伸出、企圖勒死大蛇丸。大蛇丸及時化為泥濘躲避猿魔的攻擊，並向日斬展示自己臉皮底下的第二真面目--就是利用“不屍轉生”、而成功侵佔肉體的年輕女忍者面孔。大蛇丸表示這只是他第二次轉生的容器，而下一個目標就是擁有寫輪眼的宇智波佐助。

日斬引爆初代及二代目身上的引爆符，以順利阻止兩者的攻擊，然而他們“穢土轉生”的肉體可立即修復。修復身軀后的兩名火影，即對愛徒繼續攻擊。初代使用木遁術欲再抓擊日斬，但幸虧猿魔化成“金鋼牢壁”及時保護他。初代亦使用“幻術·黑暗行之術”(動畫為二代使用)，將日斬封鎖在黑暗環境當中，並對日斬展開攻擊。

因為日斬深信木葉“火之意志”一定會繼承下去，所以在倒下時仍帶著微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接著便一睡不起。他的通靈獸猿魔因為失去召喚者亦瞬間消失了，大蛇丸也因失去戰鬥力、在音忍四人眾的保護下撤退。

砂忍後來才知道真正的風影已被大蛇丸暗殺，就跟木葉重訂和約。大蛇丸這場“木葉崩潰計劃”，最終以失敗告終。

老師：猿飛日斬

火之國木葉隱村的三代目火影，初代目火影和二代目火影的親傳弟子，培育出了威震忍界的“三忍”。精通五種查克拉屬性的忍術，享有“忍術教授”的稱號。

猿飛日斬是忍界史上實際執掌火之國最高權力時間最長的火影，也是最長壽的火影，開創了木葉隱村的全盛時期。

隊友：自來也

火之國木葉隱村的“三忍”之一，三代目火影猿飛日斬的弟子，四代目火影波風水門、長門、彌彥、小南、七代目火影漩渦鳴人的師父，被鳴人稱為一生中最敬重的人。他指導鳴人修行，在鳴人成長的道路上起到重要作用。後到雨忍村刺探情報，結果不幸死於“曉”首領佩恩之手。

隊友：綱手

火之國木葉隱村的第五代火影，也是傳說中的“三忍”中的一點紅

上級-盟友：志村團藏

在猿飛日斬繼任火影后，團藏以暗部培訓部的名義成立屬於自己的獨立組織“根”，並以領導者的身份在暗處活躍著。他深深繼承了第二代火影冷酷的思想，信念是徹底遵守規定，由於日斬沒能很好地延續第二代火影治理宇智波一族的基本方針，因此使團藏背負起了村子的黑暗。

兩人一直保持著利益合作關係（團藏為大蛇丸提供研究材料——寫輪眼等，大蛇丸為團藏提供實驗成果——千手柱間的細胞移植和伊邪那岐等）

搭檔：油女龍馬

這是大蛇丸加入根組織的搭檔。

他跟大蛇丸一樣，都是團藏的部下，是「根」的忍者。他入侵的技術在歷代暗部之中也是非常突出。

弟子：御手洗紅豆

木葉忍者村的特別上忍，中忍考試第二輪的主考官，同時也是木葉三忍之一的大蛇丸的弟子，是位豪爽的女忍者。

弟子：宇智波佐助

訓練佐助達到S級忍者的戰鬥能力，而且在教導佐助面對敵人的能力的分析和制定戰略方面，定下了良好的基礎。

部下：藥師兜

邀請兜加入音隱村，自此之後便當了大蛇丸的手下。

部下：音忍五人眾

音忍五人眾，指的是大蛇丸手下最強的且能熟練運用咒印的五位忍者。

部下：鷹小隊

鷹小隊成員，分別有重吾、水月、香磷、佐助。

兒子：巳杯

大蛇丸的人造人之一，被大蛇丸如同兒子一般對待。

兒子：巳月

大蛇丸的人造人之一，被大蛇丸視為自己的孩子一般對待。

繼承初代火影的五重羅生門。毫無顧忌地張開的大口，是為了吸收一切攻擊而召喚出來的防禦壁--羅生門，而將這樣的羅生門同時召喚三重出來就是大蛇丸施展的物理防禦術！

承受正面而來的攻擊的第一重門，將威力攻擊減小的第二重門，將攻擊壓力擴散的第三重門…根據這功能各異的三重門，一切的攻擊來到術者面前的時候威力已經大幅下降了。

召喚一重羅生門就需要大量的查克拉，竟然同時召喚出三重…自從初代火影之後，木葉只有大蛇丸才可能使出這究極的絕對防禦忍術。從地獄召喚出來的修羅之門，就像嘲笑對手一樣，輕輕地把攻擊擋了下來。接下來，被大蛇丸看中的獵物只能抱著無比的絕望。

基因改造技術

將普通人從基因層面加以改造，從而獲得其他能力，比起強行植入細胞更加完善，可以說是真正將他人的能力繼承到自己的血脈里。如大和便是幼年時期作為大蛇丸的實驗體，被植入柱間細胞進行培養。因為幼體缺乏足夠的耐力來承受柱間細胞之力，同期其餘五十九個試驗體幼兒相繼死亡，但大和最終依靠自身求生的意念頑強地存活了下來，承受住了身體內所移植的柱間細胞之力並因此繼承了初代火影的血繼限界。

克隆技術

利用生物技術由無性生殖產生與原個體有完全相同基因組織後代。宇智波信未成年時，為了學習克隆技術，曾經自願成為大蛇丸的實驗體之一。因為信的體質非常特殊，對移植在自己身上的任何組織不會出現絲毫排斥反應。所以大蛇丸還用信的細胞克隆出了許多信的克隆人。後來，信帶著幾隻自己的克隆人“兒子”們叛離大蛇丸，並將他們作為自己“獲得新血肉的道具”兼“備用臟器的倉庫”。這些克隆人擁有真正的宇智波血脈，一誕生雙眼都是三勾玉寫輪眼，還可以開啟萬花筒寫輪眼。

寫輪眼手臂

大蛇丸在信身上移植了許多志村團藏在宇智波滅族事件中收集到的寫輪眼，又在信已經移植好各種寫輪眼的右臂中，植入了柱間細胞來增加肉體能量，與十一隻寫輪眼具有的極強精神能量加以平衡，之後送給團藏，作為團藏的新右臂。

細胞移植技術

通過將忍者們的細胞移植到自己的體內，從而獲得對方的所有血繼能力與忍術。兜在移植了音忍五人眾的細胞后就能使出他們的血繼限界和忍術。但是大蛇丸本人並沒有使用過這項技術。

機甲鳴人

大蛇丸為了控制九尾的查克拉而製造出來的機器人柱力，因為是按照鳴人為藍本製造的，所以他與鳴人一樣有著同樣的思想和能力。全身裝備著不存在於忍者世界的炮擊、導彈類熱兵器，就像輪迴眼的修羅道能力一樣，是非常強大的科學產品。實力與鳴人不相上下，甚至能夠尾獸化並且使用尾獸玉。

機甲九尾

大蛇丸製造的機械尾獸，實力強大，被大蛇丸放出后襲擊木葉，眾多忍者也無能為力，最後是機甲鳴人用他剩餘的九尾查克拉與它同歸於盡。

人造人技術

利用生物技術創造出真正的人類。巳月就是大蛇丸結合多種優良基因製造出來的人造人之一，有一個已經成年的人造人哥哥“log”。兩個人均被大蛇丸視為親生孩子一般對待。可以說是大蛇丸最有意義最具溫情的作品了。