深層結構是結構主義語言學和結構主義哲學用語。與“表層結構”相對。為喬姆斯基所提出。在語言學上，指短語或句子成分之間的內在語法關係。被認為是先驗的，表現為多種表層結構，但其本身卻不能直接看見，只能從表層結構中分析出來。
語言的深層結構是語言的結構方法語法分析，可以使句子的意義更加明確。
結構主義語言學的結構觀點推廣運用於其他社會科學時，深層結構也用以指各種社會可見現象之成分之間的組合關係，如萊維一施特勞斯所說的神話的神話素結構、親屬關係的親屬結構等。深層結構分析在其他學科中用於分析成分之間的組合關係時，有一定的隨意性，不能達到認識事物本質的目的。