自然保護區管理機構是政府為管理自然保護區而設立的專門機構。我國法律規定，自然保護區屬於事業單位，應當建立管理機構進行專門管理。
國家級自然保護區設自然保護區管理處或局，市、縣級自然保護區設自然保護區管理站，配備必要的管理人員和科學技術人員。自然保護區管理機構的主要職責是：①貫徹執行國家有關自然保護的方針、政策和法規；②對保護區的自然環境和自然資源，進行資源考察，建立資源檔案；③制定規章制度，統一管理區內的各項活動；④開展科學研究和自然保護宣傳教育工作；⑤協助地方政府安排好區內居民的生產和生活；⑥在保護好環境資源的前提下，進行合理的經營活動。