商品短缺是商品在進、存環節中發生的實收數小於應收數，或實存數小於帳存數的短缺。在查明原因前，先在“待處理損失”帳戶中核算。查明原因后，分清責任，按規定的程序和許可權處理。
在進貨過程中，實收數小於應收數的商品短缺，若屬運輸途中自然損耗，由購貨方負擔，作商品流通費處理，屬供貨方少發，應要求供貨方補發或退回貨款屬責任事故，應向有關單位或個人索賠。在儲存過程中，
盤存數少於帳存數的商品短缺，若屬保管過程中的自然損耗，作商品流通費處理，屬於收發貨差錯形成商品串號，應進行帳目調整; 屬於責任事故，應要求有關人員賠償。