都徠水清吏司設郎中 6人（滿 5人，漢 1人）、員外郎 6人（滿 5人、漢 1人）、主事 6人（滿 4人，漢 2人）。筆帖式若干人，經承 9人。
司下設都吏、河防、橋道、織造、櫃、雜六科和算房、火房，分掌本司事務。都水司掌稽核、
估銷河道、海塘、江防、溝渠、水利、橋樑、道路工程經費；各省修造戰船、渡船及其他各種船隻並核銷河防官兵俸餉；修制祭器、樂器；徵收船、貨稅及一部分木稅。隸屬機構有皇差銷算處（負責核銷皇帝出巡時各地所用維修橋樑、道路等費用）；冰窯（負責收發藏冰）；綵綢庫（負責收發制帛、誥軸、綵綢、駕衣、寶砂、棕絲、藤竹）。