抵抗運動

融合次元“學園”的領導者“教授”赤馬零王為了統一4次元而實行“ARC領域計劃”，派出“學園”培養的學生作為戰士來到超量次元，對其城市進行破壞，並對超量次元的居民（不管會不會打牌）無差別地封印進卡片。

為了反抗“學園”對超量次元居民的狩獵，超量次元“心園”的決鬥者組成“抵抗運動”。“抵抗運動”內部根據“決鬥學校”而劃分，如黑桃校（スペード校）、梅學校（クローバー校，在英國梅花“クラブ”被理解為四葉草“クローバー”）等。“抵抗運動”成員身上的某處都纏繞著紅色方巾作為標誌（例如游斗的手肩上、黑咲隼的脖子上、快斗的右手）。擁有的特殊決鬥盤會在決鬥時會令戰鬥傷害實體化，有當打敗敵人時可以將對方變成卡片特殊功能（黑咲隼的決鬥盤因被赤馬零兒改造，失去了將對手變成卡片的特殊功能）。

成員黑咲隼為了尋回被神秘人（游里）擄走的妹妹黑咲琉璃，得知赤馬零王的兒子是基礎次元的LDS社長赤馬零兒后，黑咲隼穿越次元來到基礎次元而不斷襲擊LDS的決鬥者，試圖引出赤馬零兒並將其綁架作為人質來跟赤馬零王換回妹妹。黑咲隼的好友游斗追著隼也來到了基礎次元。游斗在跟同調次元決鬥者游吾的決鬥中落敗並跟榊游矢合一。黑咲隼則加入了有赤馬零兒組織的對抗“學園”的小隊——槍兵團。

黑咲隼和游斗離開心園后，他們所在的黑桃學校成員全部覆滅，其他決鬥學園分部也遭受一定程度的打擊。梅花學校的殘餘成員找到了決鬥庵作為基地，而快斗的家人則全部被變成卡片。憤怒的快斗脫離大夥獨自一人對付著“學園”軍。

。