潘其昌，1932年9月生於浙江慈溪。1950年2月參加工作，1952年12月加入中國共產黨。
19631年6月任上海市海洋漁業公司黨委副書記。“文化大革命”期間受衝擊被下放勞動。1976年3月起先後任上海網具廠黨總支副書記，上海漁輪廠黨委書記、廠長，上海市海洋漁業公司黨委書記、經理。1979年5月起先後任上海市水產局副局長、黨委副書記、局長等。1983年7月任中共上海市財貿工作委員會黨委書記。1986年3月任中共上海市委委員。1987年2月任交通銀行副董事長、副總經理、黨組成員兼上海分行總經理。1993年10月任交通銀行董事長。1998年11月任交通銀行諮詢委員會主任。
於2018年8月3日因病醫治無效在上海逝世，享年86歲。