馨子內親王生於長元2年2月2日（1029年2月17日）卒於寬治7年9月4日（1093年9月26日），賀茂齋宮。
日本第71代后三條天皇中宮，后一條天皇與藤原威子中宮之女，同母姊姊是后冷泉天皇中宮章子內親王。
長元四年，受內親王，授正二品，任賀茂齋宮，敘准三宮，加封
千戶。
長元九年四月，后一條天皇崩御，與母親威子中宮、姊姊章子內親王遷居鷹司殿。九月，威子中宮崩，與章子內親王遷居上東門院處。
永承六年，上東門院馨子內親王成為東宮妃。
延久元年七月，立為中宮。
延久三年，居弘徽、登花兩殿。
延久五年，為尼。
承保元年，改稱皇后。
寬治七年九月，崩，年六十五。