光緒三十一年(1905年)6月,全國軍隊統一編號,改稱陸軍第六鎮。 11協協統李純,12協協統吳鴻昌,參謀官張聯棻。 1911年11月7日,吳祿貞被馬步周暗殺。
光緒三十一年(1905年)正月組成。光緒三十年(1904年)日俄戰起,十二月
袁世凱奏請以武衛右軍主力和
張之洞的南洋自強軍主力,加上從第三鎮抽調步隊各標第二營(共四營)等合編組成。次年正月成鎮。初為北洋第四鎮。光緒三十一年(1905年)6月,全國軍隊統一編號,改稱陸軍第六鎮。駐北京南苑。轄第11協和第12協。歷任統制有
段祺瑞、
王士珍、
趙國賢、吳祿貞、李純。
徐樹錚曾任段祺瑞的參謀。
武昌起義爆發時,其統制是吳祿貞。11協協統李純,12協協統吳鴻昌,參謀官
張聯棻。1911年11月7日,吳祿貞被馬步周暗殺。之後,李純接任六鎮統制,參加南下鎮壓
辛亥革命軍事行動。
民國之後改名為陸軍第六師,李純任師長,1913年率部進入江西參加鎮壓二次革命,後任江西都督,再后江蘇都督。李純為
馮國璋的嫡系。
李純都江西后,
馬繼曾繼任
六師師長。護國戰爭時期六師進軍
湘西,因遭貴州護國軍強烈,馬繼曾兵敗,於湖南省麻陽縣自殺,第11旅旅長周文炳升任。不久周亦兵敗,患上
精神病,乃由第12旅旅長
齊燮元升任。