海軍省

1872年（明治5年）2月，海軍省根據太政官（だいじょうかん）第62號公告從兵部省（ひょうぶしょう）獨立出來。當時軍政與軍令並未明確分開。大日本帝國憲法（だいにっぽんていこくけんぽう）實行后，軍令由作為大日本帝國陸海軍大元帥的天皇通過直屬機構主管，海軍省內主管軍令的部分被參謀本部（さんぼうほんぶ）吸收，1893年（明治26年），設置了海軍軍令部（ぐんれいぶ）作為海軍的最高軍令機關。海軍省成為主管海軍政策、軍備、人事、教育等事務的機關，以軍務局為中心。

海軍省是內閣中的一個省，首長為由天皇任命的海軍大臣。海軍大臣的職責是海軍的軍政管理，不具有軍令權，由現役的海軍大將或中將擔任。當逢海軍裁軍會議等重要事務，海軍大臣需要長期離開國內時，由內閣總理大臣（ないかくそうりだいじん）兼任的臨時海軍大臣。

1945年（昭和20年）11月30日，海軍省根據第680號敕令而廢除，改為第二複員省（ だいにふくいんしょう）。第二複員省於1946年（昭和21年）6月被廢除，原海軍省的財產全部被大藏省（現在的財務省）處理。海軍省資料的一部分被防衛省和厚生勞動省繼承。

海軍省的建築物在東京都千代田區霞關。由約西亞·康德爾設計，於1894年完成。在二戰中受到損壞。戰後，至1985年完全被拆除。原址上現在為農林水產省（のうりんすいさんしょう）本部辦公樓（中央聯合辦公樓第1號館）。

軍務局，管理軍備、服務、條約、禮儀等所有海軍相關制度。

兵備局，1940年（昭和15年）11月15日設立。管理動員、戰備、生產等戰爭執行計劃。

軍需局，1920年（大正9年）10月1日設立。管理裝備研製、燃料、軍需等。

人事局，1900年（明治33年）5月20日由海軍大臣官房人事課擴張而來。管理軍人和文職人員的人事和保障。

教育局，1923年（大正12年）4月1日由外設機構海軍教育本部縮編而來。管理海軍軍人的教育和對國民的宣傳活動。

調度局（經理局），負責預算、決算的計劃和執行，物資籌措，管理資金和貴重物品。

醫務局，負責醫療研究和衛生管理。

法務局，負責維持海軍軍人的軍紀，管理軍法會議。

（直接隸屬於海軍大臣的機構）

海軍將官會議

海軍技術會議

海軍艦政本部，1900年5月20日設立。管理艦船、兵器的開發、生產計劃。

海軍航空本部，1927年4月5日設立。管理航空器、航空技術的開發、生產、教育計劃。

水路部，負責海圖製作、海洋測量和海象氣象天體的觀測。

海軍高等軍法會議

海軍東京軍法會議

海軍大學校

海軍兵學校

海軍機關學校，1944年廢止。

海軍経理學校

海軍軍醫學校

潛水艇部

特攻部

電波本部，1944年4月20日由技術研究所擴張而來。負責雷達和無線電事務。

施設本部，1941年8月1日由內設機構建築部擴張而來。負責海軍設施的設計和工事事務。

化兵戰部，即防化部。

運輸本部，1943年6月25日由運輸部擴張而來。

緊急戰備促進部

船舶救難本部，1944年12月30日設立。負責沉沒、損傷船隻的補充、修理計劃以及船員救難。

練習聯合航空總隊

太政官時期海軍卿

內閣時期海軍大臣