萌發孔是指花粉外壁上的薄壁區域所形成的開口。此種開口的長軸通常為短軸的二倍或更小。
花粉萌發時，花粉內壁從萌發孔向外突出，形成花粉管。萌發孔的形狀、結構、數目和大小隨植物種類不同而異，是鑒別植物的依據。花粉萌發時，花粉內壁從萌發孔向外突出，形成花粉管。萌發孔的形狀、結構、數目和大小隨植物種類不同而異，是鑒別植物的依據。花粉萌發孔可能的功能有：①花粉乾燥和水化時水分進出的通道②調節花粉粒收縮和膨脹引起的壓力③花粉管伸長的入口。單子葉植物有一個萌發孔，是原始性狀。雙子葉植物有三個萌發孔。還存在兩種極端情況，沒有萌發孔和沒有外壁。