東吳赤烏四年（241年），西天竺僧康僧會建保寧寺。
南朝劉宋年間（420～479年），稱為祇園寺。
唐朝開元年間（713～741年），改稱長慶寺。
南唐保大年間（943～957年），又改稱奉先寺。
北宋太平興國年間（976～984年），帝賜以“保寧寺”之額。寺中有鳳凰台、白塔、觀音殿、羅漢堂、水陸堂等建築，寺僧約五百人。
北宋政和七年（1117年），敕改為神霄宮之名。
南宋建炎元年（1127年），恢復“保寧寺”舊稱。
南宋建炎三年（1129年），帝以之為行宮，寺遂廢絕。又本寺以牛頭宗之祖牛頭法融為開山祖師，一度極為興盛，先後有奉先慧同、保寧仁勇、古林清茂等高僧住之。
