深圳市國家稅務局稽查局設14個內設機構（正科級）。
機構職責（一）組織落實
稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法。
（二）指導、協調本系統稅務稽查工作。
（三）組織、協調、督辦稅收違法案件的查處；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作。
（四）負責協調公安、檢察、
審判機關處理稅務稽查有關工作。
（五）負責稽查案件複查工作；負責稅收違法案件舉報管理工作。
（六）負責查處稅收違法案件和對納稅人開展系統審計性檢查。
（七）組織落實稅務稽查管理信息化建設。
（八）組織開展黨風廉政建設、反腐敗工作及行風建設。
（九）承辦上級交辦的其他工作。