國家環境保護土壤環境管理與污染控制重點實驗是環境保護部科技創新的重要學科之一，依託環境保護部南京環境科學研究所，實驗室以土壤環境質量管理為核心，圍繞土壤污染防治的國家需要，開展土壤環境管理與污染控制相關的應用理論與實用技術研究，為國家環保總局加強土壤環境管理與污染控制決策提供科學依據和技術支撐。
土壤學科是本所傳統優勢學科之一，本所早在1982年就開始從事
土壤環境背景值、
土壤環境質量標準與土壤污染防治，化肥、農藥對生態環境的安全評價與污染防治等方面的研究工作，主編了我國現行的土壤環境質量標準（GB15618-1995）。
2006年以來參與了《全國土壤環境污染現狀調查及污染防治》專項工作，並在其前期準備工作中作為技術負責單位為本次土壤環境現狀調查編製了大量技術文件，為本次全國土壤環境現狀調查提供有力的技術支持。
該實驗室現有在編人員9人，其中研究員1人，副研究員3人，中級職稱5人，另有其他輔助人員5人。