酶切位點

酶切位點

酶切位點(Restriction Enzyme cutting site):DNA上一段鹼基的特定序列,限制性內切酶能夠識別出這個序列並在此將DNA序列切成兩段。

可能存在同尾酶,不同酶的識別序列不同,有的可能能識別多個酶切位點比如STY1識別序列有WW。

保護鹼基表


不同內切酶對識別位點以外最少保護鹼基數目的要求(在本表中沒有列出的酶,則通常需在識別位點兩端至少加上6個保護鹼基,以確保酶切反應的進行。)
寡核苷酸序列鏈長切割率%
2 hr20 hr
Acc I
GGTCGACC
CGGTCGACCG
CCGGTCGACCGG
8
10
12
Afl III
CACATGTG
CCACATGTGG
CCCACATGTGGG
8
10
12
>90
>90
>90
>90
Asc I
GGCGCGCC
AGGCGCGCCT
TTGGCGCGCCAA
8
10
12
>90
>90
>90
>90
>90
>90
Ava I
CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
TCCCCCGGGGGA
8
10
12
50
>90
>90
>90
>90
>90
BamH I
CGGATCCG
CGGGATCCCG
CGCGGATCCGCG
8
10
12
10
>90
>90
25
>90
>90
Bgl II
CAGATCTG
GAAGATCTTC
GGAAGATCTTCC
8
10
12
75
25
>90
>90
BssH II
GGCGCGCC
AGGCGCGCCT
TTGGCGCGCCAA
8
10
12
50
>90
BstE IIGGGT(A/T)ACCC910
BstX I
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
22
24
27
25
25
50
>90
Cla I
CATCGATG
GATCGATC
CCATCGATGG
CCCATCGATGGG
8
8
10
12
>90
50
>90
50
EcoR I
GGAATTCC
CGGAATTCCG
CCGGAATTCCGG
8
10
12
>90
>90
>90
>90
>90
>90
Hae III
GGGGCCCC
AGCGGCCGCT
TTGCGGCCGCAA
8
10
12
>90
>90
>90
>90
>90
>90
Hind III
CAAGCTTG
CCAAGCTTGG
CCCAAGCTTGGG
8
10
12
10
75
Kpn I
GGGTACCC
GGGGTACCCC
CGGGGTACCCCG
8
10
12
>90
>90
>90
>90
Mlu I
GACGCGTC
CGACGCGTCG
8
10
25
50
Nco I
CCCATGGG
CATGCCATGGCATG
8
14
50
75
Nde I
CCATATGG
CCCATATGGG
CGCCATATGGCG
GGGTTTCATATGAAACCC
GGAATTCCATATGGAATTCC
GGGAATTCCATATGGAATTCCC
8
10
12
18
20
22
75
75
>90
>90
Nhe I
GGCTAGCC
CGGCTAGCCG
CTAGCTAGCTAG
8
10
12
10
10
25
50
Not I
TTGCGGCCGCAA
ATTTGCGGCCGCTTTA
AAATATGCGGCCGCTATAAA
ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT
AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA
12
16
20
24
28
10
10
25
25
10
10
90
>90
Nsi I
TGCATGCATGCA
CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT
12
22
10
>90
>90
>90
Pac I
TTAATTAA
GTTAATTAAC
CCTTAATTAAGG
8
10
12
25
>90
Pme I
GTTTAAAC
GGTTTAAACC
GGGTTTAAACCC
AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG
8
10
12
24
75
25
50
>90
Pst I
GCTGCAGC
TGCACTGCAGTGCA
AACTGCAGAACCAATGCATTGG
AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA
CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT
8
14
22
24
26
10
>90
>90
10
>90
>90
Pvu I
CCGATCGG
ATCGATCGAT
TCGCGATCGCGA
8
10
12
10
25
10
Sac ICGAGCTCG81010
Sac II
GCCGCGGC
TCCCCGCGGGGA
8
12
50
>90
Sal I
GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC
GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG
ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA
28
30
32
10
10
50
75
Sca I
GAGTACTC
AAAAGTACTTTT
8
12
10
75
25
75
Sma I
CCCGGG
CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
TCCCCCGGGGGA
6
8
10
12
10
>90
10
10
50
>90
Spe I
GACTAGTC
GGACTAGTCC
CGGACTAGTCCG
CTAGACTAGTCTAG
8
10
12
14
10
10
>90
>90
50
50
Sph I
GGCATGCC
CATGCATGCATG
ACATGCATGCATGT
8
12
14
10
25
50
Stu I
AAGGCCTT
GAAGGCCTTC
AAAAGGCCTTTT
8
10
12
>90
>90
>90
>90
>90
>90
Xba I
CTCTAGAG
GCTCTAGAGC
TGCTCTAGAGCA
CTAGTCTAGACTAG
8
10
12
14
>90
75
75
>90
>90
>90
Xho I
CCTCGAGG
CCCTCGAGGG
CCGCTCGAGCGG
8
10
12
10
10
25
75
Xma I
CCCCGGGG
CCCCCGGGGG
CCCCCCGGGGGG
TCCCCCCGGGGGGA
8
10
12
14
25
50
>90
75
>90
>90