蒙古衙門

旗籍司有郎中三人（滿一人，蒙古二人），員外郎四人（宗室一人，滿一人，蒙古二人）主事滿一人，筆帖式十五人（滿五人，蒙古十人），經承二人，貼寫書吏二人。掌管漠南蒙古各旗疆界、封爵、會盟、驛站等事務。五會司有郎中三人（滿一人，蒙古二人），員外郎五人（滿二人，蒙古三人），主事蒙古三人，筆帖式十一人（滿三人，蒙古八人），經承二人，帖寫書吏一人，掌管內札薩克王公、公主、額駙的俸祿、年班、進貢、典禮等事務；典屬司有郎中二人（滿、蒙各一人），員外郎八人（滿二人，蒙古六人），主事滿蒙各一人，筆帖式十人（滿四人，蒙古六人），經承一人，帖寫書吏二人，掌管外札薩克各布游牧疆界、封爵、會盟、驛遞、邊貿、屯戍等事務並直接管理察哈爾、巴爾呼、額魯特、扎哈沁、明阿特、烏梁海、達木等處游牧人員。另外還管理蒙藏各地喇嘛事務；柔遠司有郎中宗室一人，員外郎七人（滿二人，蒙古五人），主事蒙古一人，筆帖式十一人（滿二人，蒙古九人），經承一人，掌管外扎薩克王公官吏俸祿、年班、朝貢、賞賜以及喇嘛事務；徠遠司有郎中蒙古一人，員外郎五人（滿一人，蒙古四人），主事蒙古二人，筆帖式八人（滿三人，蒙古五人），經承二人，掌管回部及西南土司的事務；理刑司有郎中蒙古二人，員外郎六人（滿二人，蒙古四人），主事蒙古一人，筆帖式七人（滿二人，蒙古五人），經承一人，掌管外藩各部刑罰，制訂蒙古律例，審理重大案件。

為了治理蒙古，清朝政府還於康熙年間制定了《理番院則例》，作為處理蒙古事務的法律依據，在乾隆和嘉慶年間，又在原來的《理藩院則例》基礎上進行了修訂和補充，最後發展為五百二十六條，除《理藩院則例》外，還制定了《蒙古律例》。

理藩院作為管理清朝管理蒙古和其他少數民族的最高行政機構，從政治、經濟、軍事各方面嚴格控制著蒙古族和其他少數民族。