末端氨基

前者是將α氨基保持遊離狀態的氨基酸殘基，後者是將α羧基保持遊離狀態的氨基酸殘基。

採用1-氟-2，4-二硝基苯的桑格（F．Sanger）的DNP法（DNPmethod），在歷史上是很著名的。該法可作為鑒定或定量分析位於氨基末端的氨基酸殘基的方法。也廣泛採用將DNP法超微量化的dansyl法（用5-二甲氨基萘磺醯氯）。Edman降解法是從氨基末端開始測定氨基酸排列順序的有效分析法。還可採用氨肽酶降解進行氨基末端分析。

真核細胞內80%可溶蛋白由於翻譯后修飾的結果，其N末端NH2基都被封閉，因而難以進行Edman降解；另外，微量蛋白的分離過程也可能導致氨基酸末端的人為封閉。因此，氨基酸序列的分析，只有在去除這些基團之後，或將該蛋白從內部切斷，然後對從產生的混合物分離得到的各個肽段進行測序才能得到。除此之外，對降解蛋白各個肽段的測序結果，能對該蛋白有更精確的鑒定。從而為隨後的分子克隆方案提供更多可能的選擇，而且，某些蛋白序列數據，對於說明DNA順序數據，確定蛋白質的修飾位點（醯化、甲基化、糖基化、磷醯化以及信號肽或前序列的切割位點等），以及對於蛋白質晶體結構的解釋是很必要的。一般可以通過以下的方法分離製備蛋白質並得到蛋白質序列的信息：①化學降解或酶降解后純化蛋白；②從混合物中分離所產生的內部切割的肽段；③分析鑒定所得到各個肽段。