1938年夏天，三元宮慘遭日寇殘酷轟炸后，寺僧們聯絡山民共20餘人奮起自衛，多次成功地伏擊了搜山的日寇。1939年農曆七月十四日早晨，日寇集中300餘人，兵分四路圍剿三元宮及所屬寺廟，戳死仁芳法師，綁走德選等四位法師和六位山民，除放走一位山民外，其餘全部活埋。幾天後，日寇又兩次前來搜山，把三元宮及所屬的玉皇宮、九龍廟、屏竹社等13處廟宇全部放火焚燒，使這座海內知名的龐大廟宇群化為一片瓦礫。
為了紀念雲台山的抗日僧眾，教育後代勿忘國恥，連雲港人民政府在三元宮附近興建了義僧亭，亭中碑石上鐫有彭雲撰文、周庚如書寫的《雲台山僧眾抗日紀念碑記》。
