1930年代，由於香港島的添馬艦海軍船塢已不敷應用，故軍方於1934年興建了九龍海軍船塢，並設立了魚雷廠。 1938年，英軍的香港仔分塢及昂船洲軍械廠落成時，九龍海軍船塢內部份設施並移往該兩處。 1959年10月，英軍將船塢交予香港政府，作為民用船塢，船塢遂改為現稱，並設立了香港海事處的工場和倉庫。
1970年代，舊
尖沙咀消防局不敷應用，船塢南部的魚雷廠被拆卸興建新消防局。1990年代，船塢也成為香港海關海域行動組的駐地。
1997年，隨著
西九龍填海工程，九龍政府船塢對開海面變成陸地，船塢遂停用拆卸，被位於
昂船洲的昂船洲政府船塢所取代，現成為港鐵西鐵線九龍南線柯士甸站的一部份。