馬曉軍，1963年1月出生，中共黨員，在職中央黨校大學學歷。
曾任青海省高級人民法院審判委員會委員、審判員。
曾任西寧市中級人民法院審判委員會委員、刑事審判第二庭庭長（正科級）、副縣級審判員。
2016年3月至2020年6月任青海省高級人民法院審判員。
2016年3月25日，青海省第十二屆人民代表大會常務委員會第二十五次會議通過，任命馬曉軍為青海省高級人民法院審判員。
2020年6月10日，青海省第十三屆人民代表大會常務委員會第十七次會議通過，免去馬曉軍的青海省高級人民法院審判委員會委員、審判員職務。