nested PCR

在第一輪擴增中，外引物用以產生擴增產物，此產物在在內引物的存在下進行第二輪擴增。

由於巢式PCR反應有兩次PCR擴增，從而降低了擴增多個靶位點的可能性（因為與兩套引物都互補的模板很少）增加了檢測的敏感性；又有兩對PCR引物與檢測模板的配對，增加了檢測的可靠性。

一般應用於動物方面。如：病毒，梅毒螺旋體，HIV，腫瘤基因等