暗部組織”，輕小說及動漫作品《魔法禁書目錄》中學園都市的機密組織。被學園都市的決策高層統括理事會掌控或直屬於統括理事會理事長亞雷斯塔·克勞利。各組織為其目的和職責而行動，其職責是維持學園都市內部的安定和執行“無法向光明表達的事”，包括暗殺、滅口、銷毀資料證據和暴力鎮壓學生等。
“暗部組織”屬於學園都市上層所管理的機密組織，大部分被統括理事會直接掌控，部分直屬於理事長亞雷斯塔·克勞利。
資料庫有記載的至少五個，為各自目的而行動，其職責是維持學園都市內部的安定和執行“無法向光明表達的事”，包括 暗殺、滅口、對抗外來威脅、研究黑科技、服務統括理事，暴力維和(包括武裝鎮壓學生和反恐)和消除資料等，暗部成員所執行的絕大部分都是“黑暗”而“殘酷”的惡行。
每個組織主要成員一般有四人，在四人的背後有著龐大的人員支持，如後勤保障、隱滅證據等等。一般暗部成員被殺后屍體會迅速焚燒消除痕迹。
此外許多統括理事為自身安全和其他目的也有個人組建的暗部，如藥味久子理事的戀查，潮岸理事的杉谷，美濃部班和亡本理事的法式大餐
| 組織 |
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| 暗部組織列表 | | | |
| (Dragon) | 愛華斯 | —— | 代號為“龍”的學園都市最高絕密機關，幾乎無人知曉。 |
| (Group) | —— | 統括理事會 | 秘密處理“光明世界”無法處理的問題，滅口、鎮壓、暗殺 |
| (School) | 垣根帝督 | 統括理事會 | 與Group同等級別的暗部組織。消除資料，暗殺 |
| (Item) | 麥野沉利 | 統括理事會 | 防止包括統括理事會在內的上層部的失控及鎮壓其他暗部的暴動 |
| (Block) | 佐久辰彥 | 統括理事會 | 監視學園都市與外部合作機構的聯繫，阻止技術外泄 |
| (Member) | “博士” | 亞雷斯塔直屬 | 擁有眾多高科技技術的暗部組織，進行各種研究 |
| 獵犬部隊 | 木原數多 | 亞雷斯塔直屬 | 執行特殊保密任務，手段十分殘忍 |
| 迎電部隊 | —— | 亞雷斯塔直屬 | 專門應對情報泄漏尤其是非正常都市內外無線電聯繫，消除情報泄露源 |
| 新入生 | 黑夜海鳥 | 統括理事會 | 新約中登場的暗部組織，職責不明 |
| (Study) | 有富春樹 | StudyCorporation公司 | 有富春樹個人掌控的民間類暗部，非官方暗部，負責給警備員供給零配件 |
| 黑鴉部隊 | 莎特奧拉·塞克溫茨雅 | 星軌之門社 | 統括理事會所認證，解決民事問題的通常被都市內企業雇傭的維持緩衝部隊 |
| 屍喰部隊 | 本名不明 | 統括理事會 | 《某科學的超電磁炮》與《某科學的一方通行》漫畫中登場的暗部組織，暗部二軍，非一線精銳 |
| 木原一族 | —— | 亞雷斯塔直屬 | 4千餘無級別區分判斷出某領域科學遭濫用時從該領域出現的執行者，暗部性質的科研團體 |
| 法式大餐 | | 統括理事會 | 統括理事亡本裹藏的私屬暗部，為其個人服務，主要是獲取食材，暗部二軍，非一線精銳 |
| DA | 菱形光比古 | 統括理事會 | 警備員的極端，堅持扭曲的正義，有超越普通警備員的裝備，后被肅清 |
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註：名字後面帶“ KIA”的表示該角色已死亡
| 成員 |
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| 「Group」 | | | | | |
| 土御門元春 | 勝杏里 | 肉體再生 | Lv0 | 英國清教成員，最高階陰陽師，雙重間諜 | 土御門舞夏 |
| 一方通行 | 岡本信彥 | 矢量操作 | Lv5 | 學園都市超能力者中的第一位 | 最後之作 |
| 結標淡希 | 櫻井浩美 | 坐標移動 | Lv4 | 學園都市最強的空間能力者 | 過去的友人 |
| 艾扎力 | 岸尾大輔 | 阿茲特克系魔法 | —— | 阿茲特克的優秀魔法師，中美洲魔法結社有翼者歸來成員，叛逃至學園都市 | 御坂美琴 |
| 成員 |
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| 「School」 | | | | | |
| 垣根帝督 | 松風雅也 | 未元物質 | Lv5 | 學園都市排名第二的超能力者 | 首領 |
| 姓名不詳 | 井澤詩織 | 心理定規 | lv4 | 身份不明，穿著禮服的年輕美麗少女 | —— |
| 砂皿緻密 | 木內太郎 | —— | —— | School雇傭的傭兵狙擊手，擁有高超的狙殺能力，此外還曾被都市其他人雇傭過 | 傭兵 |
| 譽望萬化KIA | | 念動能力 | Lv4 | 頭戴土星環，向垣根帝督挑戰失敗，卻被拉入暗部school。 | 被殺 |
| 弓箭獵虎KIA | | —— | Lv0 | 砂皿緻密前任的School狙擊手，享受獵殺對方的過程，有出色的嗅覺，偵查和追蹤能力，后被芙蘭達重創 | 被辭退 |
| 成員 |
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| 「Item」 | | | | | |
| 麥野沉利 | 小清水亞美 | 粒機波形高速炮 | Lv5 | 學園都市排名第四的超能力者 | 首領 |
| 絹旗最愛 | 赤崎千夏 | 氮氣裝甲 | Lv4 | 喜歡看B級電影，擅長暗殺 | —— |
| 瀧壺理后 | 洲崎綾 | 能力追跡 | Lv4 | 很有可能成為第八位Lv5超能力者 | 核心 |
| 芙蘭達·塞維倫KIA | 內田真禮 | —— | 不詳 | 金髮的少女，擅長製作炸彈及精通各類爆破 | 被殺 |
| 濱面仕上 | 日野聰 | —— | Lv0 | 前Skill Out首領，組織下位人員 | 下部組織成員 |
| 成員 |
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| 「Member」 | | | | | |
| 博士KIA | 杉崎亮 | —— | —— | 像科學家一樣的中年男子，擅長操作各種高科技，少有的非木原科技人才 | 首領 |
| 馬場芳郎KIA | 林大地 | 不詳 | 不詳 | 遠程控制機械犬支援“博士”，常常隱藏於地下防核掩體中 | 助手 |
| 索綺特 | 大和田仁美 | —— | —— | 阿茲特克魔法師，艾札力義妹 | —— |
| 查樂KIA | 高橋大輔 | 死角移動 | Lv3 | 卑鄙的年輕男子，喜歡使用人質戰術 | —— |
| 警策看取 | | 液化人形 | Lv4 | 御坂0號的朋友，因刺殺婭蕾斯塔未遂而入少年感化院，后與木原幻生達成共識而加入Member | Member與理事會的中間聯絡人 |
| 成員 |
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| 「Block」 | | | | | |
| 佐久辰彥 | 水越健 | —— | —— | 體格像熊的壯碩男子，Block的領導者 | 首領 |
| 手鹽惠未 | 森永千才 | —— | —— | 體格良好的女子，擅長體術，以警備員身份潛伏入警備員本部 | 警備員 |
| 山手 KIA | | —— | —— | 出場即被艾札力殺死，並以其面貌作為偽裝入侵了Block | —— |
| 鐵網 KIA | 續木友子 | 意見解析 | 不詳 | 陰鬱的少女，能識別人內心所想，能力等級不詳 | —— |
| 成員 |
|---|
| 「獵犬部隊」 | | |
| 木原數多 KIA | 藤原啟治 | 獵犬部隊首領，直屬亞雷斯塔 |
| 麥克 | 小島英樹 | 追殺茵蒂克絲的獵犬部隊成員 |
| 丹尼斯 | 松尾大量 | 追殺茵蒂克絲的獵犬部隊成員 |
| 奧森 | 松尾大亮 | 被一方通行劫持的獵犬部隊司機 |
| 洛特 KIA | 宮崎寬務 | 追殺一方通行的獵犬部隊成員 |
| 南希 KIA | 牛田裕子 | 追殺一方通行的獵犬部隊成員 |
| 薇拉 KIA | 茅野愛衣 | 追殺一方通行的獵犬部隊成員 |
| 成員 |
|---|
| STUDY | | |
| 有富春樹 | 間島淳司 | 首領 |
| 小佐古俊一 | 小林佑介 | |
| 櫻井純 | 持月玲依 | |
| 關村弘忠 | 比上孝浩 | |
| 斑目健治 | 古川慎 | |
| 布束砥信 | 葉山郁美 | 非正式成員 |
| 屍喰部隊 | |
| 成員 | 能力 | 等級 | 備註 |
| 未知（本名不明） | 鳥瞰把握 | Lv3 | 首領 |
| 清 | 未命名（能控制半徑1米內摩擦係數） | 不明 | —— |
| 納爾 | 念力使者 | 不明 | —— |
| 葯君 | 未命名（能控制液體比重從而分離液體） | 不明 | 藥劑師 |
| 成員 |
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| 「新入生」 | | | |
| 黑夜海鳥 | 氮氣爆槍 | Lv4 | 半機器人，結合“腕”能力能夠達到Lv5 |
| 銀裳·阿爾法 | 無能力者 | 本體是四隻腳的迷你驅動鎧，持有一百多台的驅動鎧用強化外裝 |
「新入生」接受學園都市上層指示襲擊無能力者芙蕾米婭·塞伊文，其目的是誘使濱面仕上和一方通行聯合，使學園都市上層將他們定位為“無法估量的膨脹勢力”，並以此作為加以清除的借口。
| 成員 |
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| 黑鴉部隊 | | | | |
| 莎特奧拉·塞克溫茨雅 | 日笠陽子 | 稀土擴張 | Level 4 | 隊長 |
| 烏鴉7 | 島崎信長 | | | |
| 烏鴉4 | 村田太志 | | | |
