斗也

遊戲中斗也是個從鹿子鎮的少年，青梅竹馬為黑連和白露。如果被選為主角，他會從紅豆杉博士受到初學者神奇寶貝和神奇寶貝圖鑑。跟黑連和白露開展各自的旅程。旅程早期，真菰會要求斗也做一件小任務，完成之後，斗也會收到C裝置。

徠在旅程中，斗也會跟他青梅竹馬相見，還有跟他們對戰，他也會遇到神秘的男人N，想創造人與神奇寶貝分開的世界，來能達到目標，他會跟斗也對戰多次在遊戲中，斗也也會跟電漿團對戰在他的旅程，結果，他也會被雷希拉姆或捷克羅姆稱為英雄（依靠遊戲版）。

如果沒有選斗也為主角（選女主角），他會在對戰地下鐵的多人列車線（棕線）出現，來當主角的搭檔。