功能蛋白，是指攜帶能夠完成人體的生理功能的蛋白質，它們主要是完成人體的各種代謝活動。
功能蛋白有催化蛋白，運輸蛋白，免疫蛋白，調節蛋白，大多數酶的本質就是蛋白質，而酶能夠作某些生理化學反應的催化劑，所以這部分蛋白就是催化蛋白。血紅蛋白就是運輸蛋白，它能夠攜帶氧。免疫蛋白有白細胞中的蛋白，還有調節蛋白等，它們中大部分都是以酶的形式存在的，只有少部分以蛋白質形式存在，我們稱這一類蛋白質為功能蛋白。
類型：絕大多數的酶（生物催化劑）、胰島素和生長激素等動物激素、生物膜上的載體蛋白、抗體、受體、血紅蛋白、肌球蛋白、肌動蛋白、淋巴因子等。