《漆黑的特快列車》為日本動漫《名偵探柯南》中的一個單元劇集，也被簡稱為“列車篇”，對應動畫TV 701~704（海外版TV 753~756），改編自漫畫Vol.78 File.1~7（總File.818~824）。其中漫改動畫的播出開始於2013年7月13日，結束於2013年8月3日。主要講述了江戶川柯南（即工藤新一）、怪盜基德（即黑羽快斗）、工藤有希子等人為保護灰原哀而與黑衣組織成員波本和貝爾摩得的對決。
《漆黑的特快列車》為《名偵探柯南》TV版中的一個單元劇集，即所謂“列車篇”。本篇章中，少年偵探團五人、阿笠博士、毛利蘭與毛利小五郎在鈴木園子的邀請下登上了鈴木特快列車；從波本處得知雪莉（即灰原哀）將乘坐鈴木特快列漆黑的特快列車海報車的黑衣組織也展開了行動，貝爾摩得和波本登上了列車；此外，由於列車將在一個月之後再次開動同時展出寶石，怪盜基德也登上了列車進行提前踩點。三位波本候選人——世良真純、沖矢昴與安室透也出現在了列車上，其中沖矢昴身邊還跟著一位神秘女子。各方勢力逐漸在此交匯，一場無聲的戰爭一觸即發。
列車開動后不久，灰原就出現了“組織反應”，同時，傷疤赤井也出現在了列車上；之後，列車上又發生了一起兇殺案。柯南、小五郎和安室決定先行解決案件，其他人回到房間中。然而不久之後，灰原又收到了貝爾摩得的恐嚇郵件……
另一邊，琴酒和伏特加正在終點站名古屋等候著，準備等列車一到站，就用炸彈炸毀整個站台和列車……
角色介紹
江戶川柯南
配音 高山南
高中生偵探，在一次偷看黑衣組織成員交易時被偷襲擊昏，灌下毒藥APTX4869，身體縮小成了6歲小學生的模樣。后化名為江戶川柯南，寄住於私人偵探毛利小五郎家中，秘密調查黑衣組織。本篇章中，在鈴木特快列車上精心謀劃了一系列計策從黑衣組織成員手中保護了灰原哀。
宮野志保/灰原哀
配音林原惠美
黑衣組織科學家，代號雪莉/Sherry。服下APTX4869身體縮小成6歲小學生后叛逃組織，化名灰原哀，現寄住於阿笠博士家中，知曉江戶川柯南的身份，研製APTX4869的解藥並協助柯南調查黑衣組織。本篇章中，被登上鈴木特快列車的組織成員波本和貝爾摩得追殺，但最終被柯南等人保護下來
毛利小五郎
配音小山力也
私家偵探，毛利蘭的父親。本篇章中，受園子之邀乘坐鈴木特快列車。
毛利蘭
配音山崎和佳奈
現年17歲，就讀於帝丹高中二年B班，為校空手道部女主將。父親是為毛利小五郎，母親是律政界女王妃英理，與工藤新一為青梅竹馬。本篇章中，受園子之邀乘坐鈴木特快列車。
阿笠博士
配音緒方賢一
天才發明家，工藤新一的鄰居。知曉江戶川柯南和灰原哀的身份，為前者提供了很多道具發明，以協助其破案與調查黑衣組織。本篇章中，受園子之邀乘坐鈴木特快列車。
吉田步美
配音 岩居由希子
少年偵探團成員，就讀於帝丹小學1年B班，與柯南、灰原等人為同班同學。本篇章中，受園子之邀乘坐鈴木特快列車。
圓谷光彥
配音 大谷育江
少年偵探團成員，就讀於帝丹小學1年B班，與柯南、灰原等人為同班同學。本篇章中，受園子之邀乘坐鈴木特快列車。
小島元太
配音高木涉
少年偵探團成員，就讀於帝丹小學1年B班，與柯南、灰原等人為同班同學。本篇章中，受園子之邀乘坐鈴木特快列車。
貝爾摩得
配音小山茉美
黑衣組織重要成員，與組織Boss有著某種特殊的關係，因某種原因而停止衰老，痛恨宮野一家。現實中的身份為女演員莎朗·溫亞德和克麗絲·溫亞德，與有希子是多年好友。曾被新一和小蘭救過一命，因此會保護兩人。知道柯南和灰原的真實身份但從未上報甚至幫他們隱瞞。本篇章中，在鈴木特快列車上主導追殺雪莉的計劃。
工藤有希子
配音 島本須美
女演員，工藤新一的母親，長期居住於美國。知曉江戶川柯南和灰原哀的身份，並時常給予兩人幫助。本篇章中，為了配合柯南的計策而登上了鈴木特快列車。
安室透
配音古谷徹
自稱為私家偵探，在毛利偵探事務所樓下的波洛咖啡廳打工，同時也是毛利小五郎的弟子。推理能力出眾，身手不俗，似乎有警校背景。似乎很熟悉世良真純，曾套出事務所電腦密碼並潛入事務所瀏覽電腦文件，真實身份不明，為波本候選人之一。本篇章中，在看到宮野志保的錄像后登上鈴木特快列車，他的真實身份究竟是……
沖矢昴
配音置鯰龍太郎
自稱東京大學工學部的大學生，因自己原先的住處被燒而暫住在工藤宅內，為福爾摩斯迷，推理能力強，身手高超，柯南似乎對他十分信任，真實身份不明。曾經引起灰原的“組織反應”，但灰原也通過他聯想到了諸星大（即赤井秀一）。為波本候選人之一。本篇章中，在看到宮野志保的錄像后登上鈴木特快列車，他的真實身份究竟是……
世良真純
配音日高法子
轉學到小蘭班級上的高中生偵探，善於截拳道，自稱在美國留學三年歸來，真實身份不明。對柯南和灰原非常關注，似乎很熟悉工藤新一，與赤井秀一有某種特殊的關係，為波本候選人之一。本篇章中，在看到宮野志保的錄像后登上鈴木特快列車，她的真實身份究竟是……
赤井秀一
配音 池田秀一
FBI搜查官，曾化名諸星大卧底黑衣組織，代號黑麥威士忌/Rye，在組織期間與宮野志保成為朋友，後身份暴露脫離組織，是組織所畏懼的“銀色子彈”。在來葉山道被基爾一槍爆頭后屍體被焚燒，屍體上的指紋與他留在柯南手機上的指紋吻合。不過，他真的已經死了嗎……
琴酒
配音 堀之紀
黑衣組織幹部，為給工藤新一灌藥的罪魁禍首。本篇章中，得到了組織叛徒雪莉在鈴木特快列車上的情報后在名古屋終點站等候，準備列車一到站立即引爆炸彈炸毀整個車站和列車……
伏特加
配音立木文彥
黑衣組織成員，琴酒的部下。本篇章中，與琴酒一起等候在名古屋終點站。
怪盜基德
配音山口勝平
本名黑羽快斗，就讀於江古田高中2年B班。擅長易容，為轟動世界的神出鬼沒的怪盜。本篇章中，把目標定為下個月即將在列車中展出的寶石而假扮成某個乘客登上鈴木特快列車，被柯南識破身份卻沒有當場揭穿，原來柯南早已把他列為了自己計劃中的一環……
鈴木園子
配音松井菜櫻子
現年17歲，就讀於帝丹高中二年B班，為鈴木財團的大小姐。與小蘭、新一是發小，完全沒有大小姐架子。本篇章中，邀請自己的朋友們乘坐鈴木特快列車。
| 角色 | 聲優 | 備註 |
| 江戶川柯南 | 高山南 | ---- |
| 毛利蘭 | 山崎和佳奈 | ---- |
| 毛利小五郎 | 小山力也 | ---- |
| 鈴木園子 | 松井菜櫻子 | ---- |
| 阿笠博士 | 緒方賢一 | ---- |
| 灰原哀 | 林原惠美 | ---- |
| 宮野志保 | 林原惠美 | 由怪盜基德假扮 |
| 吉田步美 | 岩居由希子 | ---- |
| 圓谷光彥 | 大谷育江 | ---- |
| 小島元太 | 高木涉 | ---- |
| 世良真純 | 日高法子 | 毛利蘭和鈴木園子的同班同學，赤井秀一的妹妹 |
| 沖矢昴 | 置鯰龍太郎 | 真正的赤井秀一 |
| 安室透 | 古谷徹 | 真實身份為黑衣組織派來的偵探波本，欲將雪莉帶回組織，但失敗 |
| 能登泰策 | 辻親八 | ---- |
| 安東諭 | 牛山茂 | ---- |
| 出波茉利 | 川浪葉子 | ---- |
| 住友晝花 | 山口由裡子 | ---- |
| 工藤有希子 | 島本須美 | 工藤新一（江戶川柯南）的母親，識破並牽制貝爾摩德 |
| 鈴木次郎吉 | 永井一郎 | 鈴木園子的叔父，鈴木財團顧問，鈴木特快號活動的主辦人 |
| 琴酒 | 堀之紀 | 黑衣組織的骨幹成員 |
| 伏特加 | 立木文彥 | 黑衣組織成員，琴酒的跟班 |
| 貝爾摩德 | 小山茉美 | ---- |
| 宮野艾蓮娜 | 鈴木弘子 | 宮野明美、宮野志保的母親，在灰原哀回憶出現；波本提及 |
| 宮野厚司 | ---- | 宮野明美、宮野志保的父親，在灰原哀回憶出現；波本提及 |
| 怪盜基德 | 山口勝平 | 受柯南拜託易容為雪莉來對抗波本 |
| 乘務員 | 志村知幸, 小田敏充 | ---- |
| 傷疤男 | 池田秀一 | 由貝爾摩德假扮，后被工藤有希子識破 |
| 小蓑夏江 | 羽島靖子 | ---- |
| 室橋悅人 | 石川ひろあき | ---- |
701 漆黑的特快列車（發車）
對應漫畫：Vol.78 File.1 《神秘列車（發車）》~File.2 《神秘列車（隧道）》
播映時間：2013年7月13日
簡介：柯南和少年偵探隊、還有小蘭等人一道參加了鈴木特快號活動。在車裡，還出現了暗中接近灰原的黑影。隨後，車上舉行的推理題環節。轉眼間，少年偵探隊在7號車廂里目擊了室橋先生被一個蒙面人槍殺而倒在椅子上，剛開始大家都一致認為那是推理活動題都沒怎麼在意。後來，從這輛特快列車的服務員里得知推理活動題還沒開始。柯南便認為剛才目擊的那一切是真正的密室殺人案，大家就馬上趕回到剛才那個車廂前，但是沒有想到在剛才車廂里的是小蘭等人，據小蘭等人說這個是8號車廂，可是，少年偵探隊們認為這就是7號車廂。7號車廂消失不見了，這到底是怎麼一回事？
702 漆黑的特快列車（隧道）
對應漫畫：Vol.78 File.3《神秘列車（一等）》~File.4《神秘列車（交叉）》
播映時間：2013年7月20日
簡介：不久，柯南識破了蘭等人玩的推理遊戲，找到了7號車廂里那個被槍擊而死的室橋先生。隨後，少年偵探隊和小蘭在走廊里遇到安室透，忽然一位傷疤赤井從灰原旁邊與她擦身而過。柯南、小五郎等人認為彙集在8號所以車廂里的乘客都有殺人嫌疑。然後，他們就詢問了服務員和8號車廂所有乘客他們的不在場證明。據服務員所說他自己在案發當時正在和安東先生、出波女士等幾位乘客正在交談，但是他卻沒有看見任何人從死者的車廂里出來。而此時，黑衣組織的身影正在一步步的向灰原逼近。柯南等人據服務員說5年前，這趟列車在資產家人的生日宴會裡還發生過一次大火災，燒死了不少人。就在這時候，灰原收到貝爾摩得發來的：“準備受死了嗎？”的簡訊。灰原害怕極了，離開8號車廂，來到外面走道的一個角落裡，突然，沖矢昴從對面的車廂里走了出來，讓灰原到他的領地去。然而，灰原害怕地逃走了……
703 漆黑的特快列車（交叉）
名偵探柯南 漆黑的特快列車
對應漫畫：Vol.78 File.4《神秘列車（交叉）》~File.6《神秘列車（冒煙）》
播映時間：2013年7月27日
簡介：柯南、小五郎、世良等人詢問了乘客們的不在場證明后，就讓8號車廂的所有乘客在走道上跑一下，然後用這個方法來尋找兇手。他們在門縫裡詢問出波女士的不在場證明時，柯南突然發現從這個門縫外看裡面和之前在死者車廂的門縫外看東西有很多相同的地方，就覺得很可疑。之後，柯南看到列車的車窗就彷彿知道了一切真相。另一方面，在走道里，傷疤赤井與有希子擦身而過，之後，世良就來到了傷疤赤井的面前，叫他幾聲“秀哥”，然後對他說了一句：“怎麼會，秀哥明明死了？”不料，傷疤赤井就馬上用電擊棒把她給電暈了。就在這時候，柯南開始進行推理秀，指出了安東先生就是兇手，就在另個地方，有希子正在誘惑傷疤赤井，而這個傷疤赤井原來就是貝爾摩德所喬裝的.，另一方面，沖矢昴將世良放在一個車廂的沙發上，世良嘴裡還叫了幾聲：“秀哥。”沖矢昴看后臉上便露出了微笑。
704 漆黑的特快列車（終點）
對應漫畫：Vol.78 File.6《神秘列車（冒煙）》~File.7《神秘列車（終點）》
播映時間：2013年8月3日
簡介：柯南成功破案后，黑衣組織的人立刻放出煙霧來，想要引誘雪莉出來，並把她給殺掉。一團團的煙霧四處飄遊著，大家都以為是發生了火災，立刻全都迅速的跑去前面的車廂里避難。接著，雪莉跑到死者室橋先生車廂外面的走道后，而這時，安室透也出現在她的面前並對她說出了自己的代號：波本（Bourbon）。另一方面，柯南給有希子打來了電話，詢問灰原的去處，並讓她好好執行作戰計劃，但是接電話的竟然是貝爾摩德。接著，貝爾摩德接到了同伴在八號車廂前發現雪莉的消息。此時，波本也對灰原說自己曾經見過她的家人，在組織里，他和諸星大是競爭對手，相看兩厭，他也不相信秀一已經被黑衣組織的人給幹掉，相信只有自己才能幹掉他。之前，他也假扮成秀一在他的相關人員面前徘徊，試探秀一是不是真的已經死了。他也確定秀一的確是死掉了。接著，波本舉著槍威脅雪莉，最後再放出炸彈來準備迷昏雪莉，將她活捉。不一會兒，灰原就逃進了車廂里，把門給關上。
就在這時候，無傷疤的秀一從後面的車廂里走了出來，放出了一個手榴彈。接著，秀一逃走後，波本所在的這個車廂，立刻爆炸，接著，列車斷為兩段。剛開始，貝爾摩德和波本以為雪莉是被炸彈給炸死了。忽然，貝爾摩德看見雪莉由
阿笠博士背著和柯南他們一起從列車裡走了出來，便產生了懷疑。後來，貝爾摩德知道剛才那個雪莉是怪盜基德假扮的。出了列車后，小蘭還將在列車的走廊里撿到了世良的帽子，然後交給她。這次多虧了有希子、基德、無傷疤秀一等人才成功的保護了灰原。波本看見了無傷疤的秀一，決定重新調查赤井死亡前後的詳細資料。最終在列車前，
沖矢昴睜眼露出和秀一相同的眼神。
| 曲目 | 演唱 | 作詞 | 作曲 | 備註 |
| Q&A | B'z | 稻葉浩志 | 松本孝弘 | 片頭曲 |
| 瞳のメロディ | BOYFRIEND | La Terre | K&K Factory | 片尾曲 |
作為“波本三選一”篇章（簡稱“波本篇”，指File.622~898、TV 509~783之間的主線劇情內容）的第一階段揭曉篇章，“列車篇”的重要程度不言而喻，並且在揭曉人物身份以外，“列車篇”還涉及了諸多之前篇章埋下的長線伏筆。不過“列車篇”也只是進行了初步、淺嘗輒止的揭曉，要徹底了解波本三名嫌疑人之間的聯繫，還需要之後的篇章作為輔助。
首要的是，“列車篇”表明了安室透的真實身份是組織成員波本。然而這其中也有諸多的疑點。
File.807中，高木涉警官回憶中的伊達航提到自己在警校時一直只是第二名，第一名的人瘦弱而善良，非常優秀，現在不知道在哪裡幹什麼，而File.808中，安室透出現在了伊達航的墳墓邊，刪掉了伊達航發給他詢問他在哪做什麼、為什麼不聯繫的簡訊，還在心中稱呼他為朋友，給予了讀者一個關鍵信息：安室透似乎有警校背景，並且似乎就是那個“警校第一”。而在本篇章中，安室透雖然被揭曉為波本，卻不打算殺死志保，他自稱要讓志保活著回到組織，當他得知貝爾摩得無論如何都想要取志保的性命時，想要讓志保離開貨車廂，而當安室透以為身後的來人是貝爾摩得時，果斷地舉起了槍並表示他會帶走志保，直接表示了他對貝爾摩得的反抗，儘管不能排除有其他組織高層對他下達秘密指令的情況，然而足以讓人懷疑，安室在這裡是否別有用心，他的舉動是否和他的警校背景有關。File.897中，正式揭曉了安室透為日本公安卧底，本名降谷零，之前的一切問題也隨之迎刃而解。
在與“宮野志保”的交談過程中，安室透提到，自己曾經見過志保的父母及姐姐，這其中的問題在於，安室的年齡為29歲，志保的父母早在17年前就已過世，這也就意味著安室在小時候就已經見過了宮野夫婦倆，很可能也就是在那時見過了明美，這使得安室的身世更加撲朔迷離。究竟是安室透在宮野夫婦還沒進入組織時就已經在某種機緣巧合之下邂逅了兩人，還是安室在組織里遇見了宮野夫婦？安室成為組織一員會和宮野夫婦有關嗎？後續的劇情中，安室也曾回憶起了宮野艾蓮娜（File.889），似乎是在給予這些問題解答。但完整的解答直到File.1011才給出，證實了約19年前，安室在宮野夫婦還在開著宮野診所時（即尚未加入組織時）常因為打架受傷被宮野明美拉到診所來療傷，在此期間結識了宮野夫婦，並且對一直關照她的宮野艾蓮娜產生了眷戀之情，直到後來宮野夫婦因為要加入烏丸集團的研究所才與安室斷了聯繫。此外，在衍生系列《名偵探柯南：警察學校篇 Wild Police Story》中也提到，安室透後來進入警校的一個重要原因就是為了自己失蹤的故人宮野艾蓮娜，青山剛昌在SDB問答中也曾提到，安室透在進入組織之後認出了故人宮野明美，但明美並未認出他就是那個兒時的降谷零，不過無論是衍生系列還是原作，都均未揭曉安室透進入組織是否與宮野夫婦有關。
除此之外，安室自稱要讓志保回到組織，但有讀者根據他最終對著貝爾摩得舉槍的行為，推測安室別有企圖。顯然，處死志保是在不少組織高層成員的默許甚至支持下進行的，然而安室卻反抗了組織的指令，並且安室還提到，自己將會有同伴乘坐直升機來帶走她，然而貝爾摩得和琴酒自始至終不像知道有其他組織成員會參與到任務中，據此有推測認為，安室所言“讓志保活著回到組織”只是一個謊言、託辭，安室的真實目的是想讓志保被日本公安帶走並保護起來，他所說的同伴並非組織成員而是日本公安的同事。
同時，“列車篇”對另外兩位波本候選人——世良真純與沖矢昴的身份，並未作直接說明，只是給出了些許暗示。世良真純的身份自登場之初就是一個謎團，柯南感覺自己在什麼地方見過她（File.772），而茱蒂、卡邁爾和柯南也都感覺她似曾相識（File.772、779、780），詹姆斯則似乎在隱瞞自己認識世良（File.780），而世良也曾暗示小蘭與自己的母親見過（File.778）；世良似乎知道柯南的真實身份，並對灰原表現出了濃厚興趣，看到視頻上的宮野志保時也十分驚訝（File.817），而安室透也似乎知悉世良的身份（File.800）。此外，在File.801中，世良提到自己過去身邊有個“從來不笑的人”，隨後傷疤赤井出現在了人群中，她猛地追了上去卻撲了空，隨後還喃喃道“怎麼可能”。結合安室透所說，他和貝爾摩得一起合作假扮傷疤赤井出現在秀一生前的熟人身邊觀察他們的反應，以確認秀一是否死亡，可以直接得出結論，世良和秀一關係匪淺，並且安室知曉此事，並且秀一有可能就是世良口中所說的“從來不笑的人”；而世良在列車上重遇傷疤赤井時更是直呼“秀哥”，表明世良有可能是秀一的妹妹，並且世良知道秀一去世一事。File.938確認世良是秀一的妹妹，並揭曉世良曾在四年前在車站偶遇正卧底組織的秀一，與其同行的還有諸伏景光與安室透，因此安室才得以知曉世良的身份，但世良沒能看清安室的相貌，只記得一些模糊的特徵；而File.971~974也表明世良留學的地點不在美國而在英國，與一家人在十年前邂逅了新一和小蘭，並且世良知道柯南的真實身份；File.1025與File.1050表明世良知曉柯南身份的契機是溫布爾登網球賽（詳見詞條“福爾摩斯默示錄”）。但世良是通過何途徑知曉秀一死訊，詹姆斯與世良之間又有何聯繫，還尚未揭曉。
而沖矢昴自File.622初登場以來，柯南就給予了他異常的信任，甚至不顧灰原的反對允許他入住工藤宅（File.624），而阿笠博士也對他未多加提防，與之形成鮮明對比的是灰原三度對沖矢昴產生“組織反應”（File.622、666、755）。沖矢昴身手了得（File.638、666、755），推理能力出眾（File.638-640、665-666、702-703、809、812-813），似乎一直在監視阿笠博士家並且很關注灰原哀（File.755、775-776、798-800等），很關注傷疤赤井並且似乎很了解組織（File.700-704），似乎認識世良真純（File.775、812-813）和安室透（File.800），似乎為左撇子而又在掩飾自己的慣用手……諸多跡象表明，沖矢昴的身份並不簡單。而在分析沖矢昴的身份之前，必須考慮另一個因素，就是赤井秀一的生死。
除上述例舉的以外，還有其他疑點：
安室透為了確認秀一是否死亡，而扮成傷疤赤井先後在茱蒂（File.677-679）、卡邁爾（File.700）和世良真純（File.801）附近出沒，觀察他們的反應以作出判斷。而異樣的是，在本篇章中，貝爾摩得扮成了傷疤赤井出現在了灰原的附近，這不禁讓人懷疑，貝爾摩得的目的除了給予灰原壓迫感之外，是否也在觀察灰原的反應以來判斷秀一的生死，倘若真的如此，就側面表明秀一卧底組織的時候與宮野志保的關係較好，以至於貝爾摩得都能知曉這一層關係並且確認一旦秀一還活著，那麼秀一就會出現在灰原附近保護她。
