超進化

要進行超進化，必須在對戰之前，由該神奇寶貝攜帶相對應的超進化石，也要有一定的親密度。戰鬥時，主角以食指和中指觸碰另一手手腕上超進化環中的進化鑰石（即鍵石），和神奇寶貝身上所攜帶的超進化石產生共鳴，使神奇寶貝在該回合對戰雙方使用絕招之前發生超進化。但並非所有人的鍵石都放置於超進化環上，例如道館訓練家可爾妮的鍵石位於手套上、閃焰隊首領弗拉達利的鍵石位於戒指上、冠軍卡露乃則放置於項鏈上。

條件方面，在每場對戰中，主角的隊伍只能有一隻神奇寶貝發生超進化，但隊伍里可以存在多隻攜帶超進化石的神奇寶貝，在對戰未結束之前，超級神奇寶貝無法變回原來的樣子，就算交換也一樣，且即使該超級神奇寶貝瀕死，其他神奇寶貝也無法進行超進化，復活后也只能恢復一般狀態，無法再次進行超進化。對戰結束后，超進化的神奇寶貝將會恢復原樣。

通過超進化石進化后的神奇寶貝，在種族值、屬性、特性都可能會有所改變。

可通過超級石進化的神奇寶貝妙蛙花、噴火龍、水箭龜、大針蜂、比雕、胡地、呆河馬、耿鬼、袋龍、大甲、暴鯉龍、化石翼龍、超夢、電龍、大鋼蛇、巨鉗螳螂、赫拉克羅斯、黑魯加、班吉拉、蜥蜴王、火焰雞、巨沼怪、沙奈朵、勾魂眼 大嘴蛙、波士可多拉、恰雷姆、雷電獸、巨牙鯊、噴火駝、七夕青鳥、詛咒娃娃、阿勃梭魯、冰鬼護、暴蠑螈、巨金怪、拉帝亞斯、拉帝歐斯、裂空座、長耳兔、烈咬陸鯊、路卡利歐、暴雪王、艾路雷朵、差不多娃娃、蒂安希。遊戲中在滿足所有超進化的條件之後，下屏底部會出現超進化的圖標且閃光，選擇超進化后，再選擇上方的技能，便可超進化和攻擊。超進化不佔用回合數，如果選擇超進化的圖標后而不選擇技能，返回菜單，那麼超進化的選項將會自動取消，需要再次點擊。神奇寶貝的攻擊順序是根據超進化時所使出的技能的速度來判定的，和超進化后的速度並無關聯。超進化后，擁有超進化特性的神奇寶貝會自動轉換特性。超進化可以無視一些強制性無法行動的狀態，例如冰凍和睡眠等，但對於因技能而直接跳過行動回合的狀態是無法超進化的。當神奇寶貝攜帶與其對應的超進化石時，對方無論使出什麼技能都無法將其交換或拿走，但如果攜帶的超級石並不與神奇寶貝對應，則和其它道具相同。當神奇寶貝變身為其它神奇寶貝時，也無法觸發超進化。

神奇寶貝 THE ORIGIN

在《神奇寶貝 THE ORIGIN》中，富士老人（富士博士）贈送給小赤能讓噴火龍進化的噴火龍石X和鍵石，小赤在大木博士那裡得知它的用法后，在華藍洞和超夢決戰時，讓自己的噴火龍超進化。據大木博士所說，富士老人曾經研究過超進化。

神奇寶貝XY

在抵達卡洛斯地方！夢想與冒險的開始中，小智在機場看見了一隻神秘的神奇寶貝，那就是超進化后的火焰雞。在下一集中，超級火焰雞救下了從幻彩水晶塔掉下來的小智和皮卡丘。在超進化與幻彩水晶塔！中，法桐博士提到他和助手們正在研究超進化，聽到超進化可以增強神奇寶貝能力的火箭隊三人組也扮成超進化專家來拜訪法桐博士，想要乘機奪走超進化的資料。

娑羅市道館的道館訓練家可爾妮擁有可以超進化的路卡利歐。並在道館戰中使用超級路卡利歐跟小智對戰。

最強超進化

以艾嵐和超級噴火龍X為主角，追求最強超進化為目標進行旅行。片中出現了大量超進化的神奇寶貝及使用它們的訓練家。

破壞之繭與蒂安希

出現了在《最強超進化~序幕》跟阿蘭對戰的使用超級阿勃梭魯的訓練家，並跟小智進行對戰。“幻之神奇寶貝”蒂安希獲得超進化。

光輪的超魔神 胡霸

出現了“無限神奇寶貝”拉帝歐斯、拉迪亞斯的超進化，黑色裂空座的超進化。

在XY篇中，艾克斯的袋龍超進化后擊退了閃焰隊，艾克斯也攜帶有超級環。

龍王傳的封面便是超級烈咬陸鯊。

在官方頁面和超進化環的廣告中，曼迪曾把超進化譯為百萬進化。

所有可以超進化的神奇寶貝超進化之後，其新名字都是在原名之前加上メガ，然而有兩隻神奇寶貝（大菊花和梅卡陽瑪）的原名就帶有メガ（分別是メガニウム和メガヤンマ），因此一時成為調侃的對象。

第五世代新增加的神奇寶貝沒有任何一隻可以超進化。

在遊戲中，只有在本次開啟遊戲後主角第一次進行超進化時才會出現完整版的動畫，其它時候都是簡要版的動畫。

超進化之後，HP的種族值不會發生改變，其他五項種族值不論增減，相加起來都比進化前多100，胡地是唯一的例外，因為在第六世代特防相比第五世代增加10的關係，使得超進化之後種族值合計只增加90。

但是在第六世代同樣增加了種族值的電龍沒有出現此現象，因此胡地的情況可能是製作疏忽。

超進化之後，只有防禦、特攻、特防和速度的種族值可能下降，其中超夢Y（90→70）、蒂安希（150→110）的物防下降；電龍（55→45）、赫拉克羅斯（85→75）、勾魂眼（50→20）、噴火駝（40→20）、烈咬陸鯊（102→92）、暴雪王（60→30）的速度下降；大針蜂（45→15）是唯一出現特攻下降情況的超進化神奇寶貝；蒂安希（150→110）則是唯一出現特防下降情況的超進化神奇寶貝。

擁有性別差異的神奇寶貝（妙蛙花、胡地、暴鯉龍、巨鉗螳螂、赫拉克羅斯、黑魯加、火焰雞、恰雷姆、烈咬陸鯊、暴雪王）在超進化之後，性別差異會消失。

蒂安希是目前唯一可以超進化的夢幻之神奇寶貝。

在可以透過特性開啟的四種天氣之中，只有下雨無法透過超進化啟動，因為沒有任何一隻超進化后的神奇寶貝的特性為毛毛雨。

能夠超進化的神奇寶貝囊括了全部18種屬性。