蚌埠海關於1995年5月經國務院批准設立，1997年4月28日正式建成開關。全關現有在編幹部職工21人（其中交流幹部2人，在外交流幹部1人），人員主要來自社會招考和院校畢業安排，平均年齡35歲。其中黨員14人，佔總人數的63.6%；碩士研究生2人，雙學位1人，本科16人，大專4人。現內設機構為二科一室，其中業務一科負責內勤、業務二科負責外勤。蚌埠海關所轄業務監管區域為蚌埠、淮北、宿州三市，屬內陸型海關，集中辦理減免稅、加工貿易等屬地管理的業務。擁有二類口岸—蚌埠鐵路南貨場，通過鐵海聯運與上海口岸直通，進出便捷。
