蛋白質結構域（domain)是在較大的蛋白質分子中，由於多肽鏈上相鄰的超又變給構緊密聯繫，形成兩個或多個在空間上可以明顯區別的局部區域。結構域與分子整體低價鍵超連，一般難以分離，這是它與蛋白質亞基結構的區別。
一般每個結構域由100~300
氨基酸殘基組成，各有獨特的空間結構，並承擔不同的生物學功能。蛋白質分子中的幾個結構域有的相同，有的不同，而不同蛋白質分子中的各結構域也可以相似。如
乳酸脫氫酶、
3-磷酸甘油醛脫氫酶、
蘋果酸脫氫酶等均屬以
NAD為輔酶的
脫氫酶類，它們各自由2個不同的結構域組成，但它們與NAD結合的結構城結構則基本相同。