CoMFA

CoMFA

比較分子場方法將具有相同結構母環的分子在空間中疊合，使其空間取向盡量一致，然後用一個探針粒子在分子周圍的空間中遊走，計算探針粒子與分子之間的相互作用，並記錄下空間不同坐標中相互作用的能量值，從而獲得分子場數據。不同的探針粒子可以探測分子周圍不同性質的分子場，甲烷分子作為探針可以探測立體場，水分子作為探針可以探測疏水場，氫離子作為探針可以探測靜電場等等，一些成熟的比較分子場程序可以提供數十種探針粒子供用戶選擇。

探針粒子探測得到的大量分子場信息作為自變數參與對分子生理活性數據的回歸分析，由於分子場信息數據量很大，屬於高維化學數據，因而在回歸分析過程中必須採取數據降維措施，最常用的方式是偏最小二乘回歸，此外主成分分析也用於數據的分析。

CoMFA結果輸出

統計分析的結果可以圖形化地輸出在分子表面，用以提示研究者如何有選擇地對先導化合物進行結構改造。右圖為一CoMFA計算的結果輸出，圖中藍色區域若以負電性基團取代則會提高藥物的活性，紅色區域則提示正電性基團更有利於活性。除了直觀的圖形化結果，CoMFA還能獲得回歸方程，以定量描述分子場與活性的關係。