東盟秘書處總部設在印度尼西亞雅加達(Jakarta),是服務於東南亞十個成員國的行政機構,監督由這一區域組織啟動的計劃和綱領。成立於1976年的秘書處,其使命是通過協調東盟政府間的計劃和行動,來爭取更大的效率,以加強在各個領域的合作。目前,東盟秘書處共設有秘書辦公室以及3個分局,其中包括經濟一體化局、外部關係與協調局、資源發展局。東盟秘書處的首腦是秘書長。東盟秘書長由東盟成員國輪流擇優提名部掌級人選擔任。每屆秘書長任期五年,其使命是發起、建議、協調、執行東盟的各種活動。
東盟秘書處
東盟秘書處的運營預算由東盟成員國每年平均分攤。東盟秘書處應獲得有效履行職能所需要的資金。東盟秘書處的運行預算應由各成員國平均分擔,每年分擔的份額應按時繳納。根據常任代表理事會的建議,東盟秘書長準備東盟秘書處年度預算,提請東盟協調理事會批准。東盟秘書處應按照東盟協調理事會依照常任代表理事會建議而決定的財務規則和程序運行。