清華大學21世紀發展研究院密切圍繞中國21世紀發展將要面臨的若干重大問題進行了選題，特別是圍繞了“科教興國”和“可持續發展”兩大戰略，對我國經濟、科技、教育、能源、交通等領域中的關鍵性問題進行了前瞻性、政策性研究。主要研究充分發揮清華大學學科優勢，積極開展學科交叉性的重大軟科學研究、國家發展與改革的的公共政策研究以及國家、地區或部門的重大發展規劃研究。
21世紀發展研究院的研究特色在於：
1.高定位：在管理體制、科研選題、研究組織等方面開拓進取、創新求實，努力形成高水平的一流成果，積極影響各級決策。
2.綜合性：實現多學科知識的綜合集成，進行多層次、多角度、跨系統的綜合研究；並致力於培養跨學科的綜合性管理和科研人才。
3.應用型：從解決改革開放和經濟社會發展的重大現實問題入手，開展系統而深入的調查和研究，提出切實而有效的戰略設想和政策建議。
4.網路式：加強信息溝通與學術交流，促進國內外有關研究機構和個人之間的合作，開展各類諮詢服務，在國內外發展研究的合作中發揮積極作用。