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通過歐盟獨立交易登記系統（The Community Independent Transaction Log,CITL）對每一個排放實體配額的發放、轉移、取消、作廢和庫存等進行記錄和管理。採用CITL電子信息系統對排放配額進行管理，每一個歐盟成員國都有一個國家配額登記賬戶，各國政府的碳排放事務管理機構均與CITL電子信息系統連接。每一個納入EU-ETS的排放實體也均有配額登記賬戶。

歐盟碳排放交易體系（Emissions Trading Scheme—ETS）於2012年1月1日正式實施。