鄭芝龍
明末清初歷史人物
鄭芝龍（1604年4月16日－1661年11月24日），祖籍光州（今河南固始），字飛黃（一說字飛龍），原名一官，天主教名尼古拉，福建泉州南安石井鎮（今福建泉州南安石井）人，明末清初東南沿海台灣及日本等地第一大海盜，最大的海商兼軍事集團首領，先後歸附明清兩朝為官。
鄭芝龍在17世紀中國明朝海禁與世界海權勃興的時代的背景下，以民間之力建立水師，周旋於東洋及西洋勢力之間，並於1633年在泉州金門島的料羅灣海戰中成功擊敗西方海上勢力，在鄭和船隊退出南中國海200年後，重奪了海上主導權，是大航海時代東亞海域舉足輕重的人物。
鄭芝龍對歷史的其他影響還有作為先於荷蘭人的，和李旦和顏思齊等人及部眾在台灣建立基礎，為漢人移台的主要據點。並為其子鄭成功留下強大海上基業，鄭成功以此資本抗清，並在南京兵敗后以海上武力成功驅逐荷蘭人，收復台灣。
不久清軍入關，鄭芝龍於1646年降清后被軟禁北京，清朝利用鄭芝龍多次招降其子鄭成功不成，遂於1655年入獄，於1661年11月24日被殺。
大事件
1604-04-16
出生
1604年4月16日出生。
1624-01
擔任荷蘭人通事
天啟四年（1624年）1月底，鄭一官離開田川氏和還沒有出生的兒子，被李旦派到澎湖，擔任荷蘭人的通事（翻譯）。
1625
開始亦商亦盜的海上生涯
天啟五年（1625年）四、五月間，也許是在荷蘭人手下沒有太多的發展，或因奉義父李旦之命，鄭一官離開荷蘭人，開始亦商亦盜的海上生涯。
1624
自立門戶，擔任盟主
天啟四年（1624年），顏思齊等因不滿日本德川幕府的統治，密謀起事造反，參與日本人民的反抗鬥爭。農曆六月十五日，顏思齊與楊天生、陳衷紀、鄭芝龍等二十八人拜盟為兄弟，眾推顏思齊為盟主。天啟五年（1625年）九月，顏思齊和部眾到諸羅山捕獵，豪飲暴食，不幸染傷寒病。數日後竟一病不起，英年早逝，故后，十二月，眾推鄭一官為盟主。
1626
泉州幫勢力興起
天啟六至七年（1626～1627年），閩南發生嚴重旱災，遍野赤土，鄭芝龍利用此機會，自率船隊襲擊福建漳浦，劫掠金門、中左所和廣東靖海、甲子等地，又回師福建，再犯泉州、廈門，襲銅山，陷舊鎮，擊敗金門游擊盧毓英、福建總兵官俞咨皋的進剿，官兵疲於奔命，莫可奈何。奔襲中，還招撫了泉州饑民數萬人赴台拓墾，沿海饑民及無業者競往投靠。這一仗打敗官兵和許心素，使廈門從此成為鄭氏的地盤，勢力日益強盛，官兵不能敵，也代表著泉州幫勢力的興起。
1628
歸順明朝
崇禎元年（1628年）七月朝廷，招撫鄭芝龍。欲投降明朝中央政府，鄭芝龍表示以“剪除夷寇、剿平諸盜”為己任，九月就撫於福建巡撫熊文燦，率部降明，詔授海防游擊，任“五虎游擊將軍”，離開他多年經營的海上貿易根據地台灣，坐鎮閩海。
1645
獲封南安侯
弘光元年（1645年），鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟在福州奉明唐王朱聿鍵為帝，年號隆武，鄭芝龍被冊封為南安候，負責南明所有軍事事務。
1646
被軟禁，入獄
1646年降清后被軟禁北京，清朝利用鄭芝龍多次招降其子鄭成功不成，遂於1655年入獄。
1661-11-24
去世
1661年11月24日被殺。
《漳浦營里鄭氏族譜》明確記載，鄭成功祖先於西晉五胡亂華后的東晉永嘉年間，避地到閩莆田，鄭芝龍先祖從莆田遷往漳州，再遷南安，鄭芝龍祖籍莆田和漳州。
鄭芝龍先祖約在1144年至1210年間，遷往龍溪縣，後代再遷南安。約在1144年至1210年，鄭成功先祖鄭伯可自莆田遷龍溪縣居北村（今龍海榜山鎮），其次子均賢於元朝初年，自北來到漳州，居古縣一帶開基立業，是漳龍衍派鄱山鄭氏之始祖也。《閩台關係族譜資料選編》收錄的鄭氏族譜中有一段文字，表明鄭氏入閩，“或於三山，於莆漳，於潮，是不一處”。
其中到達漳州的這一支，在宋末時安居在龍溪，也就是現在的龍海榜山鎮洋西村，在元朝又從洋西播遷到鄱山，也就是現在的福建龍海顏厝鎮古縣。隨後，又從古縣播遷到南安。晉江安平鄭氏第十三代先祖珏峰的墓誌銘由明朝三邊總督洪承疇撰寫，洪承疇在鄭成功墓誌銘闡述：“鄭之入閩也初居仙游之楓亭，遷徙攀鱗故里，原有楓亭橋圾，今其名猶存焉始祖祖道公，數傳而至珏號果齋生謚號后崖生思誨”。墓誌銘還提到，因倭寇頻頻侵犯，被迫南遷晉江安平地區，也就是現如今的安海地區。
鄭芝龍小名一官，父鄭士表。萬曆三十二年（1604年），出生在福建南安石井一個小官吏家庭，石井為閩南漁村，鄭一官“少落魄”，從小習海事，“性情逸盪，不喜讀書，有膂力，好拳棒”，跅弛放縱，漸流蕩逸，失父愛。
鄭一官十七歲時，因家庭生計艱難，偕其弟芝虎、芝豹赴當時中外貿易中心地點之一的廣東香山澳（澳門）依舅父黃程。黃程是個海商，在澳門從事海外貿易。他留下鄭一官在身邊做幫手，協助商務。鄭一官在商業競爭和利益角逐中施展自己的智慧和才幹，學會經商貿易，到過馬尼拉，並學會了盧西塔語和葡萄牙文。1621年（天啟元年），鄭芝龍18歲時，與兄弟齊至澳門的舅父黃程處學習經商，在與葡萄牙人打交道中，受其影響，接受天主教洗禮，取教名賈斯帕（Nicolas），另名尼古拉，外國人稱他尼古拉·一官（NicholasIquan）。
黃程營商置舶，興販東洋，見鄭一官能幹，天啟三年（1623年）譴其附日本平戶華僑李旦（泉州人）之舶，押送一批白糖、奇楠、麝香、鹿皮等貨物，從香山澳放洋，遠赴日本，僑居長崎。人地生疏，始以“賣履”為業，或兼“為人縫紉以糊其口”。後轉經商，為其舅黃程販賣白糖、奇楠、麝香等物。鄭一官從事商業活動和對外貿易，后寄身李旦門下，幫助李旦做生意，成為當時最有勢力的海商李旦的部下，並“以父事之”。李旦資本雄厚，擁有一支船隊，專門從事海外貿易，是當地華僑的首領。李旦覺得一官能幹可靠，“撫為義子”，交給一部分資產和船隻讓他到越南做生意，獲大利。不數年，鄭一官成為巨賈，常往來中國、日本間，居日華僑，咸推重之。
船隊畫像
平戶藩為當時日本對外貿易中心，各國商船雲集。由於鄭一官熟悉海外事情，又善外交，為日本政府所重視，初召后“屢訪藩士家”。后遷肥前國平戶，受到當地諸侯松浦氏優遇，松浦氏為其在平戶附近的河內浦千里濱（即今長崎縣松浦郡千里濱）賜宅地建新居，並介紹平戶藩之家臣田川昱皇之女田川松締婚。
田川昱皇即翁昱皇，是中國遷平戶的僑民（一說是泉州駐日本的海商），在日本為田川氏。田川松日本人，系翁昱皇養女，故又稱翁氏。田川氏，年方十七，性端淑。成婚翌年，以天啟四年（1624年），歲在甲子古歷七月十四日辰時，田川氏出遊千里濱，拾文貝，俄將分娩，未及回家，乃依濱內巨石以誕，是為長子鄭森（幼名福松，后名成功）。此石呼為兒誕石，至今仍立“鄭成功兒誕石”紀念碑。1629年生次子七左衛門。
鄭一官追隨於日本平戶島的華僑大海盜商人李旦門下，初時擔任翻譯等工作，逐漸成為李旦的得力助手，深得李旦信任。1624年初，鄭芝龍因李旦推薦，前往澎湖擔任荷蘭人的翻譯及通事，同年初秋荷蘭人撤退至台灣南部；由於明朝和荷蘭的爭執，影響到李旦當時的中日台間的商業利益，因此李旦派鄭芝龍亦是李旦介入明朝和荷蘭的手段之一。
17世紀上半葉，荷蘭人已是西方海洋經濟世界的“超級大國”，天啟四年（1624年）1月底，鄭一官離開田川氏和還沒有出生的兒子，被李旦派到澎湖，擔任荷蘭人的通事（翻譯）。荷蘭人給於這個“來自日本”的通事優厚的待遇，但荷蘭人這時正與明軍進行軍事對峙，雙方沒有交往，中國商人也不可能與荷蘭人交易，開始並沒有用鄭一官，荷蘭佔領澎湖艦隊司令雷約茲在1624年2月20日發給東印度公司總督德卡本特的信說：“等候好多時的帆船‘好望號’於1月21日由日本出航，月底到達此地。……我們接納了來自日本的一名通事，雖然給予優厚待遇，但目前對我們沒有什麼用處。”不過，荷蘭人為了壟斷對日貿易，指使一些中國船隻在中國沿海掠奪，鄭一官也是和荷蘭人合作的海賊之一，為荷蘭人執行在台灣海峽上截擊前去馬尼拉的中國帆船的海盜任務。後來擔任荷蘭第二任台灣長官的德韋特，這時正在澎湖服務，他在一封信中寫到：“經過雷約茲司令的批准，我們每天都期望能夠在這裡集中二、三十艘中國帆船，通事一官被派往北方去截擊於俘獲一些船隻。”
後來荷蘭人利用鄭一官來執行在台灣海峽截擊往馬尼拉與西班牙人（當時荷蘭人的主要競爭對手）通商的中式帆船的海盜任務。他們的軍事和商業複合體“東印度公司”到處攔截葡萄牙、西班牙商船，攻佔伊比利亞人的海外要塞、商館，在日本平戶建立商館，在巴達維亞（今雅加達）建立大本營。根據荷蘭長官韋特信件中，記錄了派“通事一官”率領約二十至三十艘中式帆船去進行“截擊與俘獲”的業務。
1624年中秋後，鄭一官將事業重心自日本九州島遷到台灣，歸附“日本甲螺”（倭寇首領）顏思齊。此後不久，荷蘭東印度公司登島，驅逐了以台灣為基地的其他勢力，鄭芝龍遂攜妻子定居於中國大陸。同年夏秋之交，荷蘭人在明軍的壓力下撤出澎湖，轉移到台灣大員（今台南安平），在台灣建築“熱蘭遮”和“赤嵌城”兩個要塞，侵佔了台灣南部地區。同年荷蘭、西班牙兩個殖民主義國家為了爭奪台灣的統治權，發生戰爭，荷蘭得勝，獨佔了整個台灣，這是歷史上台灣第一次為外國人佔領。
在隨荷蘭人在大員（今台南安平）立定足跟以後不久，鄭一官就奉荷蘭人之命率領幾艘中國帆船襲擊前去馬尼拉與西班牙人通商的中國船隻，直到第二年（1625年）的3月20日才回到大員。
天啟五年（1625年）四、五月間，也許是在荷蘭人手下沒有太多的發展，或因奉義父李旦之命，鄭一官離開荷蘭人，開始亦商亦盜的海上生涯。1625年4月底，他已經帶著手下活躍在台灣海峽了。一名荷蘭船長曾經給第一任台灣長官宋克寫信說：“（4月）27日，星期天，……突然首領一官，作為代表，後面跟著手執刀劍的銃手七、八名，向我們寒暄。”
兩個月後，身為日本長崎、平戶僑領的李旦向宋克長官請領了出航許可證，在7月從大員啟程回到平戶，但一個多月後，就在平戶去世了。李旦死後，他在台灣的產業和事業都歸鄭一官所有，為鄭一官合併當時台灣既有的其他漢人武裝勢力（主要在今雲林北港地區），及從大陸招收新的勢力到台，創造了條件。
顏思齊生性豪爽，仗義疏財，身材魁梧，精熟武藝。萬曆四十年（1612年），顏思齊遭官家欺辱，怒殺其仆，逃亡日本，以裁縫為業，兼營中日間海上貿易，數年後漸富。其間，顏思齊與經常到長崎貿易的晉江船主楊天生結下深交，結識了一批流寓日本從事海外冒險的閩南人。由於他廣結豪傑，遐邇聞名，日本平戶當局任命他為甲螺（頭目）。
天啟四年（1624年），顏思齊等因不滿日本德川幕府的統治，密謀起事造反，參與日本人民的反抗鬥爭。農曆六月十五日，顏思齊與楊天生、陳衷紀、鄭芝龍等二十八人拜盟為兄弟，眾推顏思齊為盟主。不幸事泄，幕府遣兵搜捕，顏思齊率眾倉惶分乘十三艘船出逃。駛至九洲西海岸的外島洲仔尾，陳衷紀建言：“吾聞琉球（台灣舊稱）為海上荒島，勢控東南，地肥饒可霸，今當先取其地，然後侵略四方，則扶余之業可成也。”
農曆八月二十三日，顏思齊率船隊抵台灣，在笨港（今北港）靠岸，乃率眾伐木闢土，構築寮寨。與此同時，派楊天生率船隊赴漳、泉故里招募移民，前後計三千餘眾。顏思齊將墾民分成十寨，發給銀兩和耕牛、農具等，開始了台灣最早的大規模拓墾活動。同時組織海上捕魚和島上捕獵，發展山海經濟，以解決移民生產和生活的物質需要。
天啟五年（1625年）九月，顏思齊和部眾到諸羅山捕獵，豪飲暴食，不幸染傷寒病。數日後竟一病不起，英年早逝，年僅三十七歲，葬於今嘉義縣水上鄉與中埔鄉交界處的尖山山巔。顏思齊臨終，召眾人告之：“不佞與公等共事二載，本期創建功業，揚中國聲名。今壯志未遂，中道夭折，公等其繼起。”顏思齊故后，十二月，眾推鄭一官為盟主，繼統其業，樹旗招兵，下設參謀、總監軍、督運監守、左右謀士等，代統一寨眾目，建立了初具規模的鄭氏地方統治政權。同年8月2日，李旦正辦好廈門、長崎、及台灣貿易，從台灣回平戶途中去世，其台灣的產業和士卒轉歸鄭芝龍控制，而於廈門的則落入許心素的手裡。
鄭一官自立門戶后，從福建招徠了鄭興、鄭明、楊耿、陳暉、鄭彩等部將。他將部下分為十八先鋒，結為“十八芝”，並從此改名為“芝龍”，而不再稱“一官”。鄭芝龍繼續拓墾大業，勢力不斷壯大，成為當時海上最大的武裝集團。“凡我內地之虛實，瞭然於胸。加以歲月招徠，金錢所誘餌，聚艇數百，聚徒數萬……禮賢而上（尚）士，劫富而施貧，來者不拒，而去者不追。”
天啟六至七年（1626～1627年），閩南發生嚴重旱災，遍野赤土，許多村落連草根樹皮都被吃盡。農曆二月，鄭芝龍利用此機會，自率船隊襲擊福建漳浦，劫掠金門、中左所（今廈門）和廣東靖海、甲子等地，不久又回師福建，再犯泉州、廈門，襲銅山（東山），陷舊鎮，擊敗金門游擊盧毓英、福建總兵官俞咨皋的進剿，縱橫東南海上，聲勢所向披靡，官兵疲於奔命，莫可奈何。奔襲中，鄭芝龍等還招撫了泉州饑民數萬人赴台拓墾，沿海饑民及無業者競往投靠。這一仗鄭芝龍打敗官兵和許心素，使廈門從此成為鄭氏的地盤，勢力日益強盛，官兵不能敵，也代表著泉州幫勢力的興起。
1626至1628年，鄭芝龍以台灣魍港為基地，劫掠福建及廣東數地，使明朝官兵疲於奔命，雖其間有朝廷招安動作，鄭拒絕並在台海縱橫兩年六個月，直到1628年年底，福建巡撫熊文燦再度招安鄭芝龍，成為“海防游擊”。
鄭芝龍勢力至1627年已有船700艘；許心素建議荷蘭東印度公司聯手打擊鄭芝龍，但東印度公司未允，鄭芝龍打敗副總兵俞咨皋，殺對手許心素。當時福建泉州府同安知縣寫給福建巡撫的文書中說鄭芝龍雖事劫掠，但對泉州百姓卻是異常仁慈，不但不殺人，甚至救濟貧苦，威望比官家還高。“所到地方但令報水（即通報官府蹤跡），而未嘗殺人。有徹貧者，且以錢米與之。”
荷蘭人還不能統治環中國海。其原因是：東方海洋經濟世界不是權力的空白。明朝官方從海洋退縮，海商和海盜成為海上的統治者。鄭芝龍海上勢力的日益擴張強盛，引起明朝統治者的恐懼，多次派兵追剿，但均失敗。明政府既無力剿滅鄭芝龍，又為了利用這支海上勢力與荷蘭人抗衡，鎮壓其他“海盜”，只好對鄭芝龍施行綏撫。
天啟七年（1627年），明廷起用曾經擔任泉州知府的蔡善繼任泉州巡海道，對鄭芝龍進行招撫。鄭芝龍率眾到了泉州，見到了蔡善繼。鄭芝龍之弟鄭芝虎、鄭芝豹在會見后，認為朝廷沒有誠意，於是鼓動鄭芝龍等馬上離開泉州，重新過起海上稱雄的生活。
由於鄭芝龍集團力量的大幅度發展，對荷蘭殖民者也造成很大威脅，荷蘭船隻一在中國海露面，就為鄭芝龍集團截獲，為此，天啟七年（1627年）還發生一場駐台荷軍與鄭軍的戰爭，結果荷軍敗北。
崇禎皇帝即位后，同年自台灣率領十八芝進攻泉州，大破明朝福建艦隊，燕京震動，朝廷招安海盜。崇禎元年（1628年），閩南又遭大旱，饑民甚眾。鄭芝龍在熊文燦支持下，再度招納漳、泉災民數萬人，“人給銀三兩，三人給牛一頭”，用海船運到台灣墾荒定居。在台灣歷史上，鄭芝龍是組織大規模移民的第一人。
崇禎元年（1628年）七月朝廷，招撫鄭芝龍。工科給事中顏繼祖奏摺寫道：“海盜鄭芝龍，生長於泉，聚徒數萬，劫富施貧，民不畏官而畏盜。”鄭芝龍欲投降明朝中央政府，鄭芝龍表示以“剪除夷寇、剿平諸盜”為己任，九月就撫於福建巡撫熊文燦，率部降明，詔授海防游擊，任“五虎游擊將軍”，離開他多年經營的海上貿易根據地台灣，坐鎮閩海。此時，鄭芝龍有部眾3萬餘人，船隻千餘艘，仍率領原部，為明廷守備沿海以防海盜倭寇和荷蘭人進攻，率軍討伐其他昔日結拜契兄弟海盜力量，包括李魁奇、鍾斌，官至總兵。不久便返回福建泉州南安老家，成為當地首富，也是少數迎娶了日本人卻仍能正式返回中國內地的海盜。
崇禎三年（1630年）季春，鄭芝龍在晉江安海鎮建置豪華府地，歷時3年又2個月告峻。安平成為鄭芝龍擁兵自守的軍事據點和海上貿易基地。據清·《嘉慶·赤店鄉土志》載：鄭府位於安平橋以北，西從西埭抵西港，北達西垵頭，南臨安平橋頭，直通五港口岸，佔地138畝。主構為歇山式五開間十三架，三通門雙火巷五進院落。兩旁翼堂、樓閣，亭榭互對，環列為屏障。東有“敦仁閣”，西有“泰運樓”，前廳為“天主堂”，中廳為“孝思堂”，規模宏聳。大厝背後辟有“致遠園”，周以牆為護，疏以丘壑、亭台、精舍、池沼、小橋、曲徑、佳木、奇花異草。迄永曆九年（1655年），鄭成功毀家復明，自焚宅第。
1633年芝龍於福建沿海金門海戰擊潰荷蘭東印度公司艦隊，從此控制海路、收取各國商船舶靠費用，鄭芝龍也因此迅速富可傾國。儼然稱為閩南的領主與海上霸主，並對繳保護費給芝龍的商船（一艘大船需繳三千兩銀錢），給予鄭家的令旗；如不繳費而想經過芝龍海域的，恐怕難逃被劫的命運。芝龍如此強橫，使荷蘭東印度公司營運不寧，荷蘭人數度聯合其他勢力合取芝龍，但芝龍仍持續擴張其勢力，並將荷蘭人次次打敗。史載：“凡海舶不得鄭氏令旗者，不能來往。每舶例入三千金，歲入千萬計，以此富敵國，自築城安平鎮”；“從此海氛頗息，通販洋貨，內客外商，皆用鄭氏旗號，無儆無虞，商賈有二十倍之利，芝龍盡以海利交通朝貴，寖以大顯””、“八閩以鄭氏為長城”。至此，鄭芝龍的通商範圍廣及東洋、南洋各地：大泥、浡尼、占城、呂宋、魍港、北港、大員、平戶、長崎、孟買、萬丹、舊港、巴達維亞、麻六甲、柬埔寨、暹羅，據估計，兵力有：包涵漢人、日本人、朝鮮人、南島語族、非洲黑人等各色人種高達廿萬人的軍力，擁有超過三千艘大、小船的船隊，成為華東與華南海洋世界的唯一強權。
不久，鄭芝龍應明朝廷要求，繼續率軍討伐其他昔日結拜契兄弟海盜僅存最大股力量劉香，於虎門大獲全勝，名震福建官至都督。不久福建省內發生旱災，鄭芝龍提議載饑民移民台灣，並給予移民十分優惠的資助條件，有人認為其為開創了大規模移民台灣之先河，亦有學者認為無證據表示此提議曾執行。
台灣土地肥沃，因此而引發了漢人向台灣島移民的浪潮，這是歷史上首次大規模有組織的由大陸向台灣移民。當時荷蘭東印度公司統治台灣南部，在大員（今台南市）修築熱蘭遮城、普羅民遮城兩城，駐防近兩千人，但大陸移民卻多達數萬。此外本業的貿易商業上，在日本鎖國后，只許中國人和荷蘭人前往貿易，鄭芝龍藉由對日本的貿易，因而更富。
崇禎十七年（1644年），南明弘光皇帝冊封鄭芝龍為南安伯，福建總鎮，負責福建全省的抗清軍務。
弘光元年（1645年），鄭芝龍、鄭鴻逵兄弟在福州奉明唐王朱聿鍵為帝，年號隆武，鄭芝龍被冊封為南安候，負責南明所有軍事事務，一時間權頃朝野，短短的幾個月時光是鄭芝龍政治生涯的頂峰。雖然有理想的唐王想打回自己的老家北京，但他這位不太有理想的部下並不打算北伐，鄭芝龍認為：“明朝清朝一回事，不就是換個主子嗎？”這為後來他投降清朝埋下伏筆。
隆武二年（1646年）五月，降清的明臣洪承疇向清征南大將軍多羅貝勒博洛提出招降鄭芝龍的建議，與招撫福建御史黃熙胤（晉江人）寫信勸鄭芝龍降清。六月，清軍兵分兩路由仙霞關、分水關進逼福建，鄭芝龍既得貝勒書，決意降，鄭芝龍兄弟擁兵不進。八月，鄭芝龍盡撤水軍回晉江安平（安海鎮），有船五六百艘；鎮守仙霞關的鄭鴻逵聞訊逃竄，清兵陷仙霞嶺，隆武帝奔汀州，被執，后絕食死於福京。九月十九日，清征南大將軍多羅貝勒博洛統兵占福州。不久，清兵乃疾取興化、泉州、漳州諸郡縣。同月，博洛遣泉州紳士郭必昌持書往安平招撫鄭芝龍，許以閩粵總督。其子鄭成功勸止鄭芝龍未果，遂至孔廟哭廟、焚儒服，對自己的父親說：“若父親一去不回，孩兒將來自當為父報仇。”后率部出海，繼續反清。同年，清軍攻克福建，擒隆武帝朱聿鍵，楊鳳苞稱“福京之亡，亡於鄭芝龍之通款”。十一月三十日，清兵進劫安平，翁夫人（田川氏）未及逃出，恐受辱，乃自縊而死，享年四十五。
而投降清軍的鄭芝龍，卻遭到南征主帥貝勒博洛的背約，移送到京師。鄭芝龍被編入漢軍正紅旗，順治五年（1648年）八月，以歸順封一等精奇尼哈番。順治十年（1653年）五月，晉封同安侯。為安撫鄭成功，清朝對投降的鄭芝龍優待有加，芝龍數次奉令命鄭成功歸順，鄭成功已在閩南奠定抗清戰鬥基礎。二月，清廷命鄭芝龍派其家人李德與鄭、賈二位使臣送海澄公敕印入閩，招成功降，福建總督劉清泰並附書保其安全；且派遣其弟鄭世忠持鄭芝龍書勸之。鄭芝豹、鄭彩皆降，唯鄭成功均堅辭不受。
《鄭成功和鄭芝龍之畫像》
永曆十年（1656年），鄭成功督師北上，克閩安及羅星塔，攻連江，進攻羅源、寧德等邑，於護國嶺擊殺清將阿格商。清廷大震，迫鄭芝龍差家人謝表持巡撫佟岱書到寧德見鄭成功，再度相勸就撫。鄭成功怒叱不理，令謝表持書還，自是撫議永絕。
順治十四年（1657年），原明鄭將領，提督黃梧上疏，力主叛臣之家族應當逐出帝都，乃被命充軍盛京寧古塔（今黑龍江省牡丹江市），唯未果行。
順治十七年（1660年），福建巡撫佟國器截獲鄭芝龍與鄭成功私信，議政王大臣會議遂以“通海”罪名擬定將鄭氏斬監候，改為流徙寧古塔。
永曆十五年（1661年）農曆三月初一日，鄭成功在金門祭海誓師，進軍台灣；四月初一（4月30日），鄭軍登陸台灣；四月初八日登陸安平，佔領台灣南部；五月，鄭成功攻台灣東都，改赤崁城為承天府；荷蘭人戰敗，降於安平。十月初三日，輔政大臣蘇克薩哈矯詔令斬鄭芝龍與其親族於燕京柴市（今北京市府學衚衕西口），一說寧古塔，鄭芝龍在北京的一家老小沒有留下一個。
•歸順大明
崇禎元年（1628年）七月朝廷，招撫鄭芝龍。鄭芝龍歸順明朝政府。此時，鄭芝龍有部眾3萬餘人，船隻千餘艘，仍率領原部，為明廷守備沿海以防海盜倭寇和荷蘭人進攻。
•擁明抗清
明清鼎革之際，神州震蕩，天下大亂。崇禎十七年（1644年）三月十九日，李自成率農民軍破北京，崇禎帝自縊煤山，李自成建立大順政權。同年，山海關總兵吳三桂引清兵入中原，清軍定京師。清·攝政王多爾袞入北京之後，反客為主，以狂風掃落葉之勢，未至一年，席捲明朝半壁山河。弘光元年（1645年）豫親王多鐸定江南。
馬士英、史可法等遺臣，擁福王即位南京，1645年改元弘光，是為南明，以史可法晉師江北。八月，鄭芝龍與鄭鴻逵原任總兵，加封安南伯及靖虜伯。
弘光元年（1645年），鄭鴻逵、鄭彩自京口退至杭州，迎唐王朱聿鍵入閩。
隆武元年（1645年）閏六月，鄭芝龍、鄭鴻逵與福建巡撫張肯堂、巡按御史吳春枝、禮部尚書黃道周等，擁立唐王稱帝於福州，改元隆武。鄭芝龍受封平虜侯，掌握軍政大權，旋晉平國公，三弟鄭鴻逵（原名鄭芝彪）為定西侯（二弟鄭芝虎之前戰死），旋進定國公，四弟鄭芝豹（小字莽二）封澄濟伯，侄兒鄭彩亦封永勝伯，鄭家官居極品。八月，隆武帝詔賜，晉平國公鄭芝龍加太師。
鄭芝龍受明朝招撫后，原先與他一起出生入死的劉香一股勢力心有不甘，拉到廣東，繼續其海上劫掠營生。劉香勢力與荷蘭人勾結，在一段時間內對鄭芝龍造成很大威脅。劉香勢力在廣東崛起后，台灣海峽又轉趨不平靜。新上任的福建巡撫鄒維璉宣布恢復海禁，并力阻鄭芝龍與在台灣的荷蘭人私下通商。鄭芝龍勢欲掃除劉香。而在此之前，原為鄭芝龍舊部的李魁啟和鍾斌也先後叛離，但都遭到鄭芝龍掃除，劉香成了他原先一起結夥的海寇中最後的對頭，也是最難應付的一股勢力。
船隊
明朝的廈門官員在駐軍遭到荷蘭人痛擊后，採取息事寧人態度，找人與荷蘭人疏通，表示願意通知廈門、金門、烈嶼、鼓浪嶼及附近各島的百姓送上二十五頭牛、二十五隻豬和一百隻雞，希望荷蘭人不要再傷害百姓，使他們可以繼續安心耕種。9月，普特曼斯與劉香在台灣的大員匯合，準備再度進攻鄭芝龍。
福建巡撫鄒維璉檄調諸將，大集舟師，準備痛擊荷蘭侵略者。身任“五虎游擊將軍”的鄭芝龍擔任戰鬥前鋒，實際負責運籌指揮這場戰鬥。鄭芝龍舟渡漳州海澄，誓師出發。不久在澎湖的遭遇戰中，焚毀荷船一艘，生擒荷將一名，溺死荷兵數百。10月，由鄭芝龍帶領，明軍150艘左右的帆船（其中50艘為特大戰船）在金門料羅灣追上荷蘭大船九艘、劉香船五十多艘。鄭芝龍報仇心切，奮勇當先，使用鐵鉤鉤住敵船縱火焚燒戰術，共焚毀荷蘭快艇一艘，並捕獲另一艘快艇。劉香臨陣敗逃，普特曼斯狼狽退回台灣。
福建巡撫鄒維璉在奏捷書中稱：“此一舉也，生擒夷酋一偽王、夷黨數頭目，燒沉夷眾數千計，生擒夷眾一百一十八名，戫斬夷級二十顆，燒夷甲板巨艦五隻，奪夷甲板巨艦一隻，擊破夷賊小舟五十餘只，…閩粵自有紅夷以來，數十年間，此舉創聞。”
經此一役，鄭芝龍聲勢大振，普特曼斯只好放棄與劉香勾結，改與鄭芝龍修好，轉而表達今後想在台灣、而不是強勢前往福建尋求對華貿易的意願，由鄭芝龍派船到台灣進行貿易。鄭芝龍也不願長期樹敵，因此在一位住在熱蘭遮城的同安商人林亨萬居間協調下，雙方同意進行貿易往來。於是福建商船開始駛抵台灣。東印度公司史料說：如果公司想存在下去，必須把一官這一根刺從公司腳下拔除。鄭芝龍勢力之大由此可以想見。
九死一生的劉香不滿荷蘭人又與鄭芝龍修好，在1634年4月9日清晨天亮前，利用月亮被遮住，以部眾六百多人襲擊大員（今台南安平）的荷蘭人城堡熱蘭遮城，並且已經用雲梯爬上了城牆。被荷蘭哨兵發覺，經開槍和炮轟后，劉香率部眾逃散而去。數天後，這支海盜從高雄離開台灣，5月20日與鄭芝龍在金門外洋遭遇，李旦之子李國助倒戈投降明軍。
崇禎八年（1635年）5月23日，鄭芝龍在廣東田尾洋擊潰劉香海上武裝集團，劉香引火自盡；但在此役，鄭芝龍最心愛的胞弟鄭芝虎不幸戰死。劉香死後，台灣海峽恢復安寧，原來害怕海賊伏擊的中國商船開始源源駛向台灣。如1636年11、12兩月，自大陸到台灣的船只有33艘，次年8月達29艘，1638年6月更達31艘之多。
鄭芝龍剪除群雄，並把海上力量納入地方官府體制，取得制海權，合法掌控東西洋貿易制度的運作。崇禎十二年（1639年），日本襖地鎖國，退出東亞海洋競爭；荷蘭殖民者也不得已與鄭氏達成海上航行與貿易協議，規定荷蘭的對日本貿易，需經鄭芝龍將中國特產運至台灣，轉手之後，方由荷蘭方面運往日本出售。鄭芝龍遂成為東方海洋世界的唯一強權。
至此，東南海疆各股武裝集團李魁奇、楊六、楊七、鍾斌等均唯鄭芝龍之命是從。幾年間，鄭芝龍平粵寇，征生黎，擊退侵廈荷夷，消滅海上巨盜劉香，福建巡撫表奏朝廷：“芝龍果建奇功，俘其醜類，為海上十數年所未有。”崇禎十三年（1640年），明廷擢升鄭芝龍為福建總兵官，署都督同知。
•海外貿易
鄭芝龍集團在掃清海上障礙之後，“從此海氛頗息，通販洋貨，內客外商，皆用鄭氏旗號，無儆無虞，商賈有二十倍之利。芝龍盡以海利交通朝貴，寖以大顯。”
他利用泉州安平鎮的航海和經商基地，打破官方的海禁，繁榮海市，武裝船隊旗幟鮮明，戈甲堅利，航行於中國沿海、台灣、澳門和日本、菲律賓等東南亞各地之間，充分利用自己的權勢和財力，擴大海上貿易，幾乎壟斷了中國與海外諸國的貿易。鄭芝龍“自就撫后，凡海舶不得鄭氏令旗者，不能往來。每舶例入三千金，歲入千萬計，芝龍以此富可敵國。自築城於安平（今晉江安海），海舶可直通卧內，可泊船徑達海。…八閩以鄭氏為長城。”
他以強大的武裝力量和雄厚的資本在國際市場上同荷蘭、日本、南洋各國商貿公司競爭逐角，是官商結合、中國資本主義萌芽的代表人物。至南明隆武帝政權，也以鄭氏海上力量為支柱，正如鄭芝龍所說：“三關餉取之臣，臣取之海，無海即無家。”
鄭芝龍從事海外貿易，主要是同日本通商。據荷蘭東印度公司《巴達維亞城日誌》與《平戶荷蘭館日誌》記錄：崇禎四年（1631年）鄭芝龍兩艘商船從日本長崎載貨物返航泉州安海。崇禎十二年（1639年）駛往長崎的鄭芝龍商船多達數十艘。崇禎十三年（1640年）兩艘鄭芝龍商船滿載黃白生絲及紗綾、綢緞等貨物，運往日本。另據《長崎荷蘭商船日誌》記錄，從1641～1643年（崇禎十四至十六年）間，鄭芝龍運載大量生絲、各類紡織品、黑白砂糖及麝香、土茯等藥物，運往日本，頗受歡迎。
崇禎十四年（1641年）夏，鄭芝龍商船22艘由晉江縣安平港直抵日本長崎，占當年開往日本的中國商船總數的22.68%，主要貨物有生絲、紡織品、瓷器等。鄭芝龍與葡萄牙人、西班牙人建立貿易關係。他運往日本的絲織物，有一部分是從澳門購進的，日本的貨物也由他運到呂宋，轉售西班牙。鄭芝龍極力發展海上貿易，經常滿載絲綢、瓷器、鐵器等貨物，駛往柬埔寨、暹羅、占城、交趾、三佛齊、菲律賓、咬留巴（今雅加達）、馬六甲等國貿易，換回蘇木、胡椒、象牙、犀角等。在短短几年內，成為荷蘭東印度公司在亞洲商業貿易的最強競爭對手。
明末，鄭芝龍、鄭成功父子相繼在南安石井建立造船坊，營造軍、商兩用船，年造三五艘，修數十艘。
•開發台灣
崇禎元年（1628年），鄭芝龍招納漳、泉災民數萬人，“人給銀三兩，三人給牛一頭”，用海船運到台灣墾荒定居。在台灣歷史上，鄭芝龍是組織大規模移民的第一人。
台灣土地肥沃，因此而引發了漢人向台灣島移民的浪潮，這是歷史上首次大規模有組織的由大陸向台灣移民。當時荷蘭東印度公司統治台灣南部，在大員（今台南市）修築熱蘭遮城、普羅民遮城兩城，駐防近兩千人，但大陸移民卻多達數萬。
石刻
| 關係 | 人物 | 備註 |
| 父親 | 鄭士表 | 有的史書記載為鄭紹祖。 |
| 正妻 | 田川氏 | |
| 側室 | 庄、林、史、蔡、曾、蔡諸氏 | |
| 長子 | 鄭成功 | 原名鄭森。 |
| 次子 | 鄭渡 | 《清史稿》作“鄭世忠”。 |
| 三子 | 鄭恩 | 《清史稿》作“鄭世恩”，字恩慶。 |
| 四子 | 鄭蔭 | |
| 五子 | 鄭襲 | 號葵庵；康熙年投誠，欽命榮祿大夫頭等兼管內閣大臣。 |
| 六子 | 鄭世默 | 后與父親一同就戮。 |
| 兒子 | 田川七左衛門，一名“鄭宗明”、小名二官。 | 鄭芝龍將他過繼給妻子娘家。鄭芝龍實際上的次子，所以又稱為“田川次郎左衛” |
《清史·列傳卷八十逆臣傳》
小說
《龍虎風雲》壹、貳：1993年陳舜臣著，遠流出版社。
《鄭芝龍大傳》：1998年陳文德著。
《台灣第一世家之一：船王鄭芝龍》：2002年秦就著，實學社。
《開拓台灣的先驅：鄭芝龍傳奇》：2004年華文出版社。
《萬舸盈樽》：2017年醉了翁著，吉林文史出版社。
舞台劇
《一官風波》：邱坤良編導。2001年5月台灣台北藝術學院戲劇學系夏季公演。2002年台北藝術大學戲劇學系秋季公演，廣州、北京巡迴公演。
| 年份 | 類型 | 備註 |
| 2000年 | 中國大陸電視劇《民族英雄鄭成功》 | 杜志國飾演 |
| 2001年 | 中國大陸電影《英雄鄭成功》 | 杜志國飾演 |
| 2002年 | 中國央視電視劇《大英雄鄭成功》 | 劉穎濤飾演 |
| 2001年 | 舞台劇《一官風波》 | 邱坤良編導 |
