咸豐十年十二月（1861.1），置三口通商大臣（詳見“北洋通商大臣”），並沿鴉片戰爭以來舊例，設立五口通商大臣，列於總理各國事務衙門之下，駐上海，管理廣州、福州、廈門、寧波、上海及潮州、瓊州、淡水各通商事務及各項“洋務”，由江蘇巡撫兼任。后改稱南洋通商大臣。
南洋通商大臣，清官名，簡稱南洋大臣。和北洋通商大臣同為清末的在地方管理外交事務官員。
同治四年（1866），清政府將原來的五口通商大臣改為“辦理江浙閩粵內江各口通商事務大臣”，設在上海，后移南京，後來演變稱為南洋通商大臣或南洋大臣管理長江及江蘇以南沿海各省通商口岸。
南洋通商大臣初為專職，後由兩江總督兼任。其後兩江總督例兼遂成定製。歷任南洋通商大臣的有
薛煥（五口通商大臣），
李鴻章，沈葆楨，左宗棠，
劉坤一，
端方，徠
張之洞，
周馥等人。
