開放閱讀框
結構基因的正常核苷酸序列
在分子生物學中,開放閱讀框(Open Reading Frame, ORF)從起始密碼子開始,是DNA序列中具有編碼蛋白質潛能,結束於終止密碼子連續的鹼基序列。
由於密碼子(codon)讀寫起始位點的不同,DNA序列可能按六種ORF閱讀和翻譯(每條鏈三種,對應三種不同的起始位點)。ORF識別則是確定哪種開放閱讀框對應真正的多肽編碼序列的過程。
在真核生物中,ORF可能跨過外顯子,在mRNA中進行拼接。
序列,連續鹼基(即聯“密碼”)編碼氨基酸。其中有一個起始密碼子AUG和三個終止密碼子UAA,UAG,UGA。核糖體從起始密碼子開始翻譯,沿著mRNA序列合成多肽鏈並不斷延伸,遇到終止密碼子時,多肽鏈的延伸反應終止。由於讀寫位置不同,ORF在兩條鏈上具有六種可能性。
一條鏈中的3種ORF
找軟體,包括線,: 功 預測存編碼區的小基因序列。它較早應於序列設計,應用優於長片斷、高質量的匹配。ORF Finder把提交序列分成六個亞區,並對這六個閱讀框分別進行默認,賦予每個亞區一個確定其編碼內容的度量,如果可能將對每一亞區進行進一步分析。每個亞區按照已有的分類結果,被隨機提交給查找它們是否編碼 蛋白質的特定測試收集器。最後只有那些具有編碼潛能的重要區域才被報道。