伏見天皇

他即位后不久，宮中突發謀刺天皇的事件。伏見天皇因得到宮女的密報，男扮女裝逃走，躲過一劫。事後人們得知，此事與大覺寺一派有些瓜葛，更有人說就是龜山上皇和后宇多上皇的指使。如此一來，反而使后深草上皇的持明院派系統在政治上居於主動地位，后深草上皇乘機復出主持院政。其實，這時的天皇已毫無權力，可畢竟還是日本國民的最高精神權威，名義上的最高統治者，所以，后嵯峨的兒子--后深草天皇和龜山天皇兄弟二人仍是互相爭奪不已。

在幕府的支持下，后深草上皇施行院政。后深草上皇知恩圖報，極力迎合幕府的旨意，派皇子久明親王為將軍，去鎌倉加強和幕府之間的聯繫。1289年，又立伏見天皇的兒子胤仁親王為太子。這樣，后深草的一支又壓過了龜山一支，在皇位繼承上，佔了主導地位。后深草上皇把自家的事情安排妥當后，才放心去空門修行，真可謂是無後顧之憂了。

龜山上皇見后深草上皇佔了上風，也故伎重演以出家為要挾，於是，1298年，伏見天皇退位，胤仁太子繼位為後伏見天皇。