莉莉絲

第二使徒是莉莉斯，最早出現於蘇美爾神話，亦同時記載於猶太教的拉比文學。猶太傳奇文學中亞當的第一個妻子，是個魔女，后和撒旦生下了惡魔之子lilin（リリン，指的就是人類）。在所有機體中只有初號機是莉莉絲的複製品（劇場版中初號機也稱作是莉莉絲的分身）。

在人類探索日本下的黑之月時被發現。她的靈魂被分離出來，附於綾波麗的身上，所以才有電影版中的融 合一幕。在碇司令的主導下開始進行E計劃，對使徒進行修復及復原工作，釘於地下最深處Terminal Dogma中央教條十字架。它的形象是NERV本部的最下層禁區‘最終教條’的十字架上的白色擁有七隻眼的巨人（LILITH之臉=SEELE標誌），原先她只有上半身，但朗基努斯之槍被拔去后，開始長出足，而且腹部開始膨脹，有妊娠現象。當她再次覺醒時就會發生第三次浩劫，所有的生命都將回到她體內，變成一個以整體形式存在的生命體。

在劇場版《真心為你》當中，源堂和零在Lilith的面前試圖進行補完計劃，但零卻告訴源堂“我不是你的玩偶，碇在呼喚我了”之後，吸收碇源堂右手中的亞當並和莉莉斯（Lilith）的本體合而為一，Lilith便脫下臉上的“耶和華之眼”面具，轉化為零的面容，並跟著巨大化。

後補完計劃停止，初號機飛出Lilith的身體，Lilith崩解。

“第二使徒是莉莉絲”是2003年末的PS2遊戲EVA2設定的。由於事後該遊戲被GAINAX官方與所認可，故有些觀眾因而認為第二使徒就是莉莉斯。（但是仍有觀眾認為第二使徒的設定就是‘Unknown’而已。）

人類發現莉莉絲的時候，尚未了解其正體為何，依其形態巨大且單一的特性將其定義成繼亞當之後的第二使徒。後來知道這其實是人類的起源之後，也沒有刻意去正名“莉莉絲並非使徒”。對碇源堂來說這是掩飾情報的好機會。他將放置在NERV總部下方的Lilith稱為Adam，並把朗基努斯槍插在她身上來固定其形態。因此，“第二使徒是莉莉絲”是當初人為定義的錯誤結果。“使徒”只是人為定義上的一種“行為”，並不是“真理”，因此不管人類是如何定義莉莉絲，她也不會變成攻擊人類的使徒。

在EVA的結局中蘇醒，A.T力場形成巨大的形體，其波形是紅色的。釋放出強大的反A.T力場並用黑之月把整個地球化為血海（將所有Lilin同化還原成LCL液體），后形體消失。

名字來源是猶太教傳說中亞當的第一任妻子莉莉絲（原意是夜之魔女）。