美柯

2099年，人類開闢新的直達宇宙邊緣的太空航道，將地球上所有危險的污染源物體運送到B-25小行星，從而使地球擺脫了被污染毀滅的厄運。人們歡欣鼓舞，開始了下一個百年的建設計劃……可人類卻沒有想到，垃圾污染產生了極端危險的魔獸——煞星與它的部下們。他們準備著復仇，繼而侵佔地球！

2099年，地球上一架巨型運輸飛船滿載著工業垃圾穿過大氣層向M78行星飛去，在進入B-25小行星航道時，和煞星派出的魔獸飛船遭遇了，魔獸飛船向巨型運輸飛船發起突然攻擊，飛船爆炸、無數碎片像隕石流星雨一樣灑向地球……

龍炎、亞奇、吉修和美柯是少年科技中學超生物興趣研究小組的成員，他們家庭背景不同，性格也不同，由這四個人組成的小組總是爭吵不休而不能按時完成研究任務，眼看著小組就要被學校解散了。

暑假期間，龍炎的興趣小組在亞古力原始叢林里執行最後一次研究任務的時候突然天空中無數火球像流星雨一樣灑向叢林（其實是由於煞星的魔獸軍團攻擊巨型運輸飛船所致），龍炎他們只好先躲進一個山洞裡，就在山洞裡他們發現了先知留下的四部晶碼機，在了解晶碼機部分功能時，他們分別召喚出各自的晶碼獸並相互認識，這時，他們突然遇到了由於煞星軍團帶來的太空輻射所變異的花臉蝙蝠獸，在他們驚恐萬分時，他們的四個寶貝級晶碼獸一起出擊打敗了蝙蝠獸，晶碼機指引著他們走到了叢林密室，在那裡他們懵懂地了解到了自己的使命，那些帶有預言的壁畫告訴他們被選召來找到巨大的能量源——四塊水晶才能拯救地球，而煞星也在尋找這四塊水晶，這場戰爭的勝敗，就在於他們是否能得到這四塊水晶。並且有一幅尋找水晶的路線圖，孩子們用晶碼機將路線圖掃描下來。

四個少年一致決定接受選召，共同肩負起拯救地球的使命！就在這時大家的晶碼機沒有發光並傳出聲音……

前面的旅程似乎充滿重重危機和不可預知，但晶碼戰士們已經出發！就這樣，龍炎、亞奇、吉修和美柯機緣巧合被命運選中成為晶碼戰士，並與各自的晶碼獸結為戰鬥夥伴開始冒險的旅程……

孩子們和他們的聖獸齊心協力、並肩作戰，首先打敗了由“水污之核”導致由各種動、植物異變的怪獸，最終也打敗了獨眼魔獸。接著，他們又要對付由煞星派到地球上的犀鱷巨獸以及由它而產生的許多地球變異獸，同時孩子們相繼遇到由“土污之核”導致各個生物異變的怪獸，敵人變得更強，他們依靠各自的聖獸升級，最終打敗敵人，也打敗土污染的罪魁禍首——犀鱷巨獸。冒險更加深入，孩子們又要對付由煞星派到地球上的狸面蛇魔獸以及由它而產生的許多地球變異獸。孩子們相繼遇到由“氣污之核”導致各種超生物異變的怪獸，怪獸越來越厲害，晶碼戰士們使各自的晶碼獸不斷取得更高級的進化，最終打敗敵人，也打敗了狸面蛇魔獸，在這一部分當中穿插講述了亞奇背後的故事。

冒險最激烈的階段，孩子們要對付由煞星派到地球上的黑白巫魔獸以及由它而產生的許多地球變異獸，他們遇到由“光污之核”導致各種機械生物異變的超強怪獸，他們繼續使各自的晶碼獸取得升級進化，最終打敗敵人，也打敗了光污染的罪魁禍首——黑白巫魔獸。

晶碼戰士依靠各自的智慧、團結的力量和必勝的勇氣，憑藉與晶碼獸的默契和勝任，最終打敗了強大的敵人相繼拿到了四塊能量水晶。

眾人終於回到了當初自己所在的城市。但是，由煞星的靈魂操控四個魔獸形成四魔獸合體，並且發動了“萬惡之核”，晶碼戰士必須消滅它，否則地球面臨滅亡之災。

在超級晶碼戰士午馬的幫助下，四位晶碼戰士、四個晶碼獸藉助四塊能量水晶最後完成“晶碼融合”——召喚出最強晶碼獸“神君聖獸”，傳說中的“晶碼融合”終於實現了！一番苦戰，贏得了最後的勝利。城市都恢復了正常，龍炎的爸爸說出了真相：他是人類的卧底，之前孩子們晶碼機上收到的消息，都是他發送的，而午馬，正是他從外太空請來的超級晶碼戰士……

戰鬥之後，晶碼獸們全部退化回到了初級階段。地球環境恢復了正常，完成了使命的晶碼獸們必須與孩子們道別，回自己的世界進行修復了。眾人依依不捨……孩子們也和午馬告別了，冷酷的午馬在臨別的時刻露出了微笑，他說：也許告別正是新征程的開始！說完就和獨角獸一起回去了。但，煞星並沒有消失！潛在的宇宙威脅隨時可能再次爆發……

晶碼戰士們各自和家人分享歷險的收穫與喜悅。看著心愛的家園重新恢復了和平與寧靜，四個少年都開心地笑了…… 而人們都說，當晶碼機再次發光的時候，晶碼獸與晶碼戰士們就會再次出現，為了拯救我們的地球，英勇鬥爭！

後來，黑暗勢力捲土重來，在晶碼世界還沒完全恢復的晶碼獸強行進行高級進化，提前消耗了水晶的能量。導致水晶陷入沉睡，晶碼獸再也無法高級進化了。於是四個少年來到死亡禁地激活水晶，同時晶碼獸用自己新的能力——神勇卡，將打敗的魔獸一一收進。第一站是月崖谷的暗月之巔，只有亞奇激活了水晶，戰勝了傀儡魔術師；第二站是幽藍森林的水晶洞，美柯和吉修成功激活了水晶；最後一站是火焰祭壇，龍炎激活了最後一顆水晶。

在B-25小行星上，煞星煉成了極污之核，人為改變大十字架的軌道。晶碼戰士到來后，神君聖獸與裂天巫獸展開了激烈鬥爭，但神君聖獸處於下風。這時亞奇用小時候快樂的回憶，喚醒了狸面蛇魔獸，狸面蛇魔獸開始進行反抗，最終悲壯地犧牲了自己，被亞虎獸收進神勇卡。神君聖獸終於消滅了煞星，地球又恢復了往日的生機。

進化過程：朱雀獸—嬰雀獸 —大鵬羽獸—亞馬森林神獸

寶貝級鳥型晶碼獸。美麗而溫和，其絕招是干擾敵人腦電波的“叮噹鈴”。

初級動物型晶碼獸，由朱雀獸進化而來，性格敏感，可以用華麗的舞步迷惑敵人然後進行攻擊，這就是她的絕招——“幻彩舞步”。

中級人型晶碼獸。由嬰雀獸進化而來，其絕招是冷艷無情的“千羽冰峰”。

高級人型晶碼獸，嬰雀獸的高級進化體。擁有一顆純潔的心靈，是完美無瑕的正義守護神，絕招是可以無窮變換夢幻化身的“魅影無窮”。