諸神的黃昏

雖然ZERO的邪惡反面OMEGA被打敗，但手握新·阿卡迪亞大權的仍是拜魯博士。娜珠一隊遊歷隊被拜魯博士的手下襲擊，ZERO及時出手相助，並得知有部分人和思考型機器人從新·阿卡迪亞撤出，為免受拜魯的力權統治，到百年前太空殖民地“歐拉西亞”墮落的地點“零號基地”(Area Zero) 村落居住。ZERO替雪兒博士觀察當地自然環境的回復。返回新·阿卡迪亞的拜魯博士，在引回OMEGA的真正形態“OMEGA”失敗后，開始了另一個計劃——“滅世之戰” (Ragnarok) ，暗示人與思考型機器人的黃昏。他召集了“靈亡八鬥士” (Einherjar) ，以進行其計劃，同時要把舊時代的赤色戰神——ZERO，抹殺。但靈亡八鬥士的首領卡夫通 (Kraft) 似乎與“零號基地”的遊歷隊女戰地記者娜珠 (Neige) 有關連，令整件事件變得白熱化……“靈亡八鬥士”的真正計劃其實是要毀滅“零號基地”。經過四場對決后，反抗軍遊歷支隊收到了拜魯軍攻擊人類集落的消息，ZERO馬上趕到，遇見了卡夫通，兩人在一輪對戰後，娜珠 (Neige) 出來勸阻，並質問思考型機器人與人類到底在今時今日的關係是甚麼。卡夫通無言以對，並捉走了娜珠到監獄。ZERO決定追擊，沖入監獄救出娜珠，途中遇見了卡夫通與拜魯，娜珠見敵不動，立刻投出閃光彈，與ZERO合作爆地逃獄。另外四位靈亡八鬥士亦被ZERO打敗，突然反抗軍遊歷支隊收到拜魯的直接通訊，威脅反抗軍和人類集落的一眾，但是，有另外一道通訊介入，是卡夫通，他實在不憤拜魯的所作所為，身處太空“神之黃昏” (Ragnarok) [對地超大型大炮]的控制室，一擊轟向新·阿卡迪亞。反抗軍遊歷支隊叫總部立刻派人救當地的居民，與此同時，ZERO傳送到神之黃昏控制室，正式與卡夫通展開各自為自己信念而戰的對決。卡夫通最後重傷，繼而停止活動。回到反抗軍遊歷支隊后，他們再接到神之黃昏再開動大炮的消息，不，是要整個神之黃昏墜落零號基地，只有一人可能做到——拜魯。阿零進而到新·阿卡迪亞亞大型輸送基地，及輸送回線中的網路，以趕到領高那洛的核心部分。在核心部分的頂層，ZERO見到受了重創的拜魯。拜魯說自己其實只是曾經是人類，但被放逐他的人們改造成不死身，拜魯現在要向所有人類展開復仇。他與神之黃昏核心合體，變成戰鬥形態，ZERO擊敗他后，仍然阻不到神之黃昏高速墜下。此時未喪命的拜魯再出現，用盡全力與神之黃昏徹底融合，但是ZERO也然能夠打敗他。可是，神之黃昏的下降速度已經無法接受傳送，通信之類的活動了，ZERO與神之黃昏一起墜入大氣層，人們在此時看見了流星，祝福著ZERO，雪兒跑出控制室，在樹下痛哭不止，他明白ZERO已經回不來了。Z4的最後畫面是ZERO墜入了一個沙漠，身體幾乎都融化了，只有一顆頭盔還比較完好，一個英雄的一生結束了。