這套史料由海峽兩岸出版交流中心與中國第一、二歷史檔案館共同編纂，中國第二歷史檔案館是集中保管中華民國時期，1912到1949年間，歷屆中央政權機關及其直屬機構檔案的國家級檔案館。館藏檔案卷帙浩繁，光到2003年，共收藏有18多萬卷，其中涉台檔案內容豐富。
由於「館藏民國台灣檔案匯編」篇幅多達300冊，內容鉅細靡遺，包括1912年到1945年9月，台灣同胞歸國求學、工作、參加抗日活動及國民政府籌備收回台灣的相關檔案，也包含爭議多時的二二八事件。
另一部份則是1945年10月後到1949年，台灣省行政長官公署、台灣省政府所屬各機構與國民黨中央政府的往都有存檔，包括公務文書、照片、圖片等。