PCV2是引發PCV2系統病（PCV2-SD）和PCV2亞臨床感染（PCV2-SI）的基本病原，也被認為是系統病原。
可以忽略PCV2腸道疾病，PCV2主要對與PCV2系統病相關的腸道紊亂起作用。需要強調的是：在被PCV2系統病感染的豬場，腸道問題頻繁發生。然而，豬被感染並出現腹瀉的確切機制尚不清楚。一方面，與PCV2系統病相關的系統免疫抑制是主要因素，它會引發豬場已存在的腸道病原體，但除非危及免疫系統，否則它不會表達。此外，PCV2系統病病理結果涉及不同程度的肉芽腫性腸炎，它可以通過改變腸壁滲透性，引起腹瀉。在本實驗中，PCV2疫苗引起豬死亡，豬場只表現出PCV2系統病的臨床癥狀，因此，與病毒感染相伴發生的其他腸道病原也顯著下降。