第二世代

口袋妖怪金銀版

徠口袋妖怪水晶版

口袋妖怪競技場金銀

任天堂明星大亂斗DX

口袋妖怪無印篇

結晶塔的帝王 炎帝

皮丘與皮卡丘

雪拉比穿梭時空的相遇

皮卡丘心跳捉迷藏

水都的守護神 拉帝亞斯和拉帝歐斯

皮卡皮卡的星空露營

口袋妖怪特別篇第三章

對應的遊戲世界為城都地區。

故事發生在第一世代的三年後。

新增了100隻精靈，精靈總數達到251隻。

新增了86個技能，技能總數達到251個。

新增鋼、惡兩種屬性。

小磁怪與三磁怪的屬性由純電變更為電+鋼。

技能屬性改變：空手刀由普通變為格鬥屬性。起風由普通變為飛行屬性。扔沙由普通變為地面屬性。啃咬由普通變為惡屬性。

屬性相剋表改變：毒對蟲的傷害由翻倍變為正常。蟲對毒的傷害由翻倍變為減半。蟲對鬼的傷害由正常變為減半。鬼對超的傷害由無效變為翻倍。冰對火的傷害由正常變為減半。

首次出現擁有不同形態的精靈未知圖騰。

閃光精靈系統出現。

口袋妖怪病毒系統出現。

天氣要素出現。

完善的親密度系統出現。

精靈出現性別差異。

生蛋系統出現。

精靈的特殊能力值被詳細分為特攻與特防。

精靈可以在對戰中攜帶道具。

增加全地圖遊走的精靈。

官方並沒有第幾世代的稱呼，第幾世代是口袋妖怪的愛好者之間互相討論時所使用的詞。在中國一般以金銀水晶（GSC）、金屬世代、或者251時代來指代第二世代。

第二世代的第一個作品雖然是1999年發售的，但是在1997年口袋妖怪動畫開播的第一集中，就出現了鳳王的影像。這被視為是第二世代發售的暗示。

最初這個世代被設定為第一世代的劇情上的續集，與第一世代不僅聯盟共用，而且在劇情上也是沿襲方式，這與之後的口袋妖怪主系列遊戲不同，更像是傳統RPG遊戲的設定。

本作從原來的151個精靈增加到251個。地圖和劇情也都是全新的。遊戲設定在第一代的4年後，在成都地區冒險后則要到達4年後的前作舞台關東地區，最後與前作主角一較高下，巨大的雙地圖使得本作至今都被不少玩家喻為口袋妖怪最高作，其原因和豐富的遊戲系統是分不開的，真實時間的加入也讓玩家有了更大的代入感。兩個版本的口袋妖怪樣子都不同，在聯動方面不僅兩個版本可以聯動，還可以利用時間膠囊和前作聯動。2000年，加強版-水晶發售，在精靈出場時增加了動畫，口袋遊戲里第一次可以選擇女主角，部分地圖有了變化，並且選取了人氣最高的水君製作了全新的劇情，並且可以和當時很流行的日本手機撥號聯動對戰。