α多樣性主要關注局域均勻生境下的物種數目，因此也被稱為生境內的多樣性（within-habitat diversity）
多樣性指數及計算公式如下：(Hill et al., 2003)
n為
克隆文庫中僅一個序列的OTU數，N為單文庫中的OTU數。
(2).辛普森指數（D）：
1-
N為單個文庫中序列數，n為第i種OTU中包含的序列數，n為單文庫中序列數。
P為第i種OTU中序列數在單文庫序列總數中的比例，n為單文庫中OUT個數。
(4).均勻度指數（E）：
H為香農指數，S為單文庫中總序列數。
(5).豐富度指數（Schao1）：
S為單文庫中OTU個數，F 和F分別為克隆文庫中只包含1個和2個序列的OTU個數。