假設
生物大分子進化速率相對恆定，則
大分子的進化改變數與大分子進化所經歷的時間呈正相關。換句話說，大分子的進化改變數是進化時間的函數，因而其可以作為衡量不同進化單位（例如物種）之間
親緣關係的指標。如果將不同種生物的同源大分子的
一級結構做比較（假定這些大分子的結構已知），其差異量（
氨基酸或
核苷酸替換數）只與所比較的生物由共同祖先變異以後所經歷的獨立進化時間呈正比。用這個差異量來確定所比較的生物種類在進化中的地位，並由此建立系統樹，稱為分子系統樹(Phylogenetic tree)。